6fga

Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 194.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Homo sapiens

UniProt P19474

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–98 链 E； UniProt 1–98	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 × 2 （P51965） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–98 链 C； UniProt 1–98	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 × 2 （P51965） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–98 链 F； UniProt 1–98	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 × 2 （P51965） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–98 链 H； UniProt 1–98	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 × 1 （P51965） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FGA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IWG COMPLEX BETWEEN THE PRYSPRY DOMAIN OF TRIM21 AND IGG FC 提交 2006-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 287–465（179 aa）片段：RESIDUES 287-465 链 E 287–465（179 aa）片段：RESIDUES 287-465	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.253
5JPX Solution structure of the TRIM21 B-box2 (B2) 提交 2016-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–130（45 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient NMR样品组成 450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM deuterated TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5OLM TRIM21 提交 2017-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–129（129 aa）链 B 1–129（129 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；300 K；na	分辨率 1.95 Å R-free 0.262
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–85（85 aa）链 B 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–85（85 aa）链 H 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
8A58 X-ray structure of TRIM21 RING E3 ligase in complex with E2 enzyme Ube2W 提交 2022-06-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–85（85 aa）链 D 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 5% PEG 6000, 0.1M TCEP hydrochloride	分辨率 2.25 Å R-free 0.259
8Y58 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	PMZ 1-[10-(3-DIMETHYLAMINO-PROPYL)-10H-PHENOTHIAZIN-2-YL]-ETHANONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
8Y59 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (S)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	A1D5Y (1~{S})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.89 Å R-free 0.234
8Y5B Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (R)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	A1D5Z (1~{R})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.74 Å R-free 0.203
9EK5 TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog 提交 2024-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 288–465（178 aa）片段：PrySpry domain	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；4.2 M Sodium Formate; 100 mM Tris-HCl, pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
9II5 Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with compound 1 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–463（177 aa）	未记录	A1D9F ~{N}-[(1-fluoranylcyclohexyl)methyl]-~{N}-methyl-4-(2-methylsulfanylphenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；291 K；1. Cryo buffer: 80 uL TRIM21 (Reservoir Solution: 0.1 M Cirtic, pH 3.5, 3 M NaCl) + 20 uL glycerol 2. Soaked crystals in cryo buffer for 10s	分辨率 1.49 Å R-free 0.240
9M3N Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with T-02 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–464（180 aa）	未记录	A1EMT 1-ethyl-~{N}-methyl-5-phenyl-~{N}-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclobutyl]pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；The solution contained 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 7.0) and 1.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate.	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
9PLL TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-056) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 284–465（182 aa）	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
9PLM TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 284–465（182 aa）	未记录	A1CI1 (3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.32 Å R-free 0.178
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9P TRIM21 PRYSPRY bound to compound 37 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4X (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(2-methoxyphenyl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.296
9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.325
9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.325
9Q9R TRIM21 PRYSPRY bound to compound 209 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4W (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]phenyl]propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.6；291.15 K；20% (w/v) PEG-8000, 0.1M CHES pH 9.5 (final pH 9.6)	分辨率 2.33 Å R-free 0.314
9QBA Human TRIM21 PRYSPRY domain in complex with AL236 提交 2025-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–465（179 aa）	未记录	A1I41 ~{N}-(cyclohexylmethyl)-4-(4-fluoranyl-2-methylsulfanyl-phenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；2.3 M Sodium Chloride 0.1 M Sodium Citrate	分辨率 1.45 Å R-free 0.162

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RO52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 B； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 C； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 D； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 E； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 F； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 G； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98 作者链 H； PDB构建体 4–101； UniProt 1–98

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

Homo sapiens

UniProt P51965

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 37–193 链 N； UniProt 37–193	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 2 （P19474） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 37–193 链 O； UniProt 37–193	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 2 （P19474） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 37–193 链 L； UniProt 37–193	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 2 （P19474） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 37–193	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 2 （P19474） ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6FGA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XR9 Crystal Structures of HLA-B*1501 in Complex with Peptides from Human UbcH6 and Epstein-Barr Virus EBNA-3 提交 2004-10-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 83–91（9 aa）片段：residues 83-91	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 URE UREA × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.2M NH4Ac, 0.1M tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 5.6, 30% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.79 Å R-free 0.232
3BZH Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 提交 2008-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–193（193 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；2.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 9.0, 0.001M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
4JJQ Crystal structure of usp7-ntd with an e2 enzyme 提交 2013-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 5–14（10 aa）片段：UNP RESIDUES 5-14	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS PH 8.5 AND 0.2 M LITHIUM SULFATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5LBN High-resolution crystal structure of the UBC core domain of UBE2E1/UbcH6 提交 2016-06-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–193（157 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M Sodium citrate pH 6 and 8% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.42 Å R-free 0.183
8IYA Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 41–193（153 aa）	突变：C67S, C122P, C153S, C159P	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH6.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.247
8IYA Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–193（153 aa）	突变：C67S, C122P, C153S, C159P	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH6.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.247
8IYA Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 41–193（153 aa）	突变：C67S, C122P, C153S, C159P	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH6.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.247

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2E1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 J； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 K； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 L； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 M； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 N； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193 作者链 O； PDB构建体 2–158； UniProt 37–193

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fga
沉积日期 deposition_date	2018-01-10
结构标题 title	Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1
关键词 keywords	RING-type E3 ligase, UBC core domain and Ubiquitination, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.49 Å
零角强度 I(0) i0	536665000.00
分子量 molecular_weight	188180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	234480 Å³
包络体积 envelope_volume	362210 Å³
水化壳体积 shell_volume	63331 Å³
包络直径 envelope_diameter	209.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.37 Å
包络 Rg envelope_rg	51.14 Å
形状 Rg shape_rg	51.57 Å
总 Rg total_rg	51.12 Å
总原子数 total_atoms	13097
残基数 n_residues	1667
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	536200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8021
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	56.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.686
峰度 Kurtosis kurtosis	0.450
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.802; Smooth: 0.889

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
分子量 formula_weight	11176.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	13206

GSHMASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSVCPVCRQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
分子量 formula_weight	17619.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O

GSMSKNSKLLSTSAKRIQKELADITLDPPPNCSAGPKGDNIYEWRSTILGPPGSVYEGGVFFLDITFTPEYPFKPPKVTFRTRIYHCNINSQGVICLDILKDNWSPALTISKVLLSICSLLTDCNPADPLVGSIATQYMTNRAEHDRMARQWTKRYAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d6fgai_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgaj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgak_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgal_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgam_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgan_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6fgao_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	6fgaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6fgaI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	6fgaO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.835 Å
晶胞边长 b length_b	95.871 Å
晶胞边长 c length_c	235.097 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	47.900 Å
R 因子 r_factor	0.2549
R_work r_work	0.2528
R_free r_free	0.2941

fit	/app/data/saxs_computation/fg/6fga/6fga.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fg/6fga/6fga.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fg/6fga/6fga.dat

Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)