6fs1

MCL1 in complex with an indole acid ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 174–321 未记录 E4Q 7-[3-[(1,5-dimethylpyrazol-3-yl)methylsulfanylmethyl]-1,5-dimethyl-pyrazol-4-yl]-3-(3-naphthalen-1-yloxypropyl)-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;22% PEG MME 5K, 2% PEG 400, 0.1M MES pH 5.6 分辨率 1.60 Å R-free 0.226
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 174–321 未记录 E4Q 7-[3-[(1,5-dimethylpyrazol-3-yl)methylsulfanylmethyl]-1,5-dimethyl-pyrazol-4-yl]-3-(3-naphthalen-1-yloxypropyl)-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;22% PEG MME 5K, 2% PEG 400, 0.1M MES pH 5.6 分辨率 1.60 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、284 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–150; UniProt 174–321 作者链 B; PDB构建体 3–150; UniProt 174–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fs1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fs1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fs1
沉积日期 deposition_date2018-02-18
结构标题 titleMCL1 in complex with an indole acid ligand
关键词 keywordsMcl1, indole acid, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.43
零角强度 I(0) i021813400.00
分子量 molecular_weight35401.0 kDa
排除体积 excluded_volume44350 ų
包络体积 envelope_volume51697 ų
水化壳体积 shell_volume21249 ų
包络直径 envelope_diameter70.5
壳层 Rg shell_rg26.76
包络 Rg envelope_rg20.68
形状 Rg shape_rg20.42
总 Rg total_rg21.31
总原子数 total_atoms2498
残基数 n_residues300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.0
Rg (实空间) rg_real21.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21810000.0000
解质量估计 total_estimate0.8960
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7
偏度 Skewness skewness0.294
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5540000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.956

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6fs1a1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd6fs1a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6fs1b1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd6fs1b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6fs1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id6fs1B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)