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6ges

Crystal structure of ERK1 covalently bound to SM1-71

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 3

Homo sapiens

UniProt P27361

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–379 未记录 6H3 N-{2-[(5-chloro-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]phenyl}propanamide × 1 EWH ~{N}-[2-[[5-chloranyl-2-[[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]prop-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.14 K；34% PEG 4k, 0.2M Li2SO4, 0.1M tris 7.5 分辨率 2.07 Å R-free 0.213
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–379 未记录 6H3 N-{2-[(5-chloro-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]phenyl}propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.14 K；34% PEG 4k, 0.2M Li2SO4, 0.1M tris 7.5 分辨率 2.07 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6GES Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ZOQ Structural dissection of human mitogen-activated kinase ERK1 提交 2008-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–379（379 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 5ID (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2M ammonium sulphate, 2% polyethyleneglycol400, 0.1M, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.39 Å R-free 0.267
2ZOQ Structural dissection of human mitogen-activated kinase ERK1 提交 2008-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–379（379 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 5ID (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2M ammonium sulphate, 2% polyethyleneglycol400, 0.1M, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.39 Å R-free 0.267
4QTB Structure of human ERK1 in complex with SCH772984 revealing a novel inhibitor-induced binding pocket 提交 2014-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–379（379 aa） 片段：kinase domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 38Z (3R)-1-(2-oxo-2-{4-[4-(pyrimidin-2-yl)phenyl]piperazin-1-yl}ethyl)-N-[3-(pyridin-4-yl)-2H-indazol-5-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；33% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.0 and 0.2 M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.40 Å R-free 0.175
4QTB Structure of human ERK1 in complex with SCH772984 revealing a novel inhibitor-induced binding pocket 提交 2014-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–379（379 aa） 片段：kinase domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 38Z (3R)-1-(2-oxo-2-{4-[4-(pyrimidin-2-yl)phenyl]piperazin-1-yl}ethyl)-N-[3-(pyridin-4-yl)-2H-indazol-5-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；33% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.0 and 0.2 M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.40 Å R-free 0.175
9TU0 Crystal structure of human ERK1 in complex with the KIM1 motif of the T. gondii protein GRA24 提交 2026-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–379（379 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M MES pH 7, 10% dioxane and 1.8 M ammonium sulphate
分辨率 2.17 Å R-free 0.292
9UUR The complex of human pMEK1 and uERK1 (ANP) 提交 2025-05-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–379（379 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9UUX The complex of human pMEK1 and ERK1 pT202 (ANP) 提交 2025-05-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–379（379 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9UW3 The complex of human pMEK1 and ERK1 pY204 (ANP) 提交 2025-05-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–379（379 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9UW4 The complex of human pMEK1 and uERK1 (ANP)(from pY204ERK1) 提交 2025-05-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–379（379 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MK03_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–380； UniProt 1–379 作者链 B； PDB构建体 2–380； UniProt 1–379

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ges

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ges
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ges
沉积日期 deposition_date2018-04-27
结构标题 titleCrystal structure of ERK1 covalently bound to SM1-71
关键词 keywordskinase, covalent inhibitor, MAPK, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.27 Å
零角强度 I(0) i0105260000.00
分子量 molecular_weight82840.0 kDa
排除体积 excluded_volume104310 ų
包络体积 envelope_volume127980 ų
水化壳体积 shell_volume35903 ų
包络直径 envelope_diameter112.3 Å
壳层 Rg shell_rg36.61 Å
包络 Rg envelope_rg30.39 Å
形状 Rg shape_rg30.25 Å
总 Rg total_rg30.88 Å
总原子数 total_atoms5829
残基数 n_residues700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.3 Å
Rg (实空间) rg_real30.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal105300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8666
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.4 Å
偏度 Skewness skewness0.455
峰度 Kurtosis kurtosis-0.259
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36390000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.802; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.932
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6gesa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6gesb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6gesA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6gesA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6gesB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6gesB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)