SAXSdb — 6gnk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein beta/alpha

Homo sapiens

UniProt P31946

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–234 链 B； UniProt 1–234	未记录	Exoenzyme S × 1 （Q93SQ1） CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50% MPD, 8% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 2.55 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GNK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BQ0 14-3-3 Protein Beta (Human) 提交 2005-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.05M MGCL2,0.1M HEPES PH7.5, 30% PEG MME 550, pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
2BQ0 14-3-3 Protein Beta (Human) 提交 2005-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.05M MGCL2,0.1M HEPES PH7.5, 30% PEG MME 550, pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
2C23 14-3-3 Protein Beta (Human) in complex with exoenzyme S peptide 提交 2005-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.05M MGCL2,0.1M HEPES PH7.5, 30% PEG MME 550, pH 8.00	分辨率 2.65 Å R-free 0.286
4DNK Crystal structure of a tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, beta polypeptide (YWHAB) from homo sapiens at 2.20 A resolution. 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.00% polyethylene glycol 3350, 0.20M magnesium acetate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
5N10 Cucurbit[8]uril and 14-3-3 based binary bivalent supramolecular-protein assembly platform 提交 2017-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 C8L Cucurbit[8]uril × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；PEG 1500, sodium citrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.194
6A5Q Structure of 14-3-3 beta in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4；289 K；0.1 M sodium malonate, and 12% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
6A5Q Structure of 14-3-3 beta in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–246（246 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4；289 K；0.1 M sodium malonate, and 12% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
6BYK Structure of 14-3-3 beta/alpha bound to O-ClcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–232（230 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
6BYK Structure of 14-3-3 beta/alpha bound to O-ClcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–232（230 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
6BYK Structure of 14-3-3 beta/alpha bound to O-ClcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–232（230 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
6BYK Structure of 14-3-3 beta/alpha bound to O-ClcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–232（230 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–239（239 aa）链 B 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate	分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–239（239 aa）链 D 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate	分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6GN8 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form 提交 2018-05-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；40% MPD, 8% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 2.34 Å R-free 0.248
6GNJ Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form in complex with STO1101 提交 2018-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；40% MPD, 7% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 3.24 Å R-free 0.221
6GNN Exoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form bound to STO1101 提交 2018-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–239（239 aa）	未记录	F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% PEG 6000, 0.1M Citrate	分辨率 3.79 Å R-free 0.385
6HEP Crystal structure of human 14-3-3 beta in complex with CFTR R-domain peptide pS753-pS768 提交 2018-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–232（232 aa）链 B 1–232（232 aa）	未记录	ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；0.1M Tris, 25% v/v PEG350 MME	分辨率 1.86 Å R-free 0.251
6HEP Crystal structure of human 14-3-3 beta in complex with CFTR R-domain peptide pS753-pS768 提交 2018-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–232（232 aa）链 D 1–232（232 aa）	未记录	ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；0.1M Tris, 25% v/v PEG350 MME	分辨率 1.86 Å R-free 0.251
6YGJ small-molecule stabilizer of 14-3-3 and the Carbohydrate Response Element Binding Protein (ChREBP) protein-protein interaction 提交 2020-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–232（229 aa）链 F 2–232（231 aa）	未记录	OQE [2-[2-oxidanylidene-2-(2-phenylethylamino)ethoxy]phenyl]phosphonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1M HEPES (pH 7.1), 30% MPD, 1% PEG 4000, 0.1 M Ni(II)Cl 6H2O	分辨率 2.07 Å R-free 0.277
8DP5 Structure of the PEAK3/14-3-3 complex 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；A final concentration of 0.1% of Octyl-beta-Glucoside (C14H28O6) was added to the sample before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot time = 7s blot force = 4	分辨率 3.10 Å
8EQ8 The crystal structure of 14-3-3 Beta containing 3-nitrotyrosine at position Y130 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–239（239 aa）链 B 1–239（239 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%-30% PEG 550 MME, 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7-8.3	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
8EQH The crystal structure of 14-3-3 Beta containing 3-nitrotyrosine at position Y213 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–239（239 aa）链 B 1–239（239 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%-27% PEG 3350, +/- 50 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris pH 5.5-6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
9GCP ChREBP/14-3-3 complex stabilized by AMP 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–232（230 aa）链 E 3–232（230 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MES ph 6.0 2.2M Sodium Malonate	分辨率 2.59 Å R-free 0.271
9GCP ChREBP/14-3-3 complex stabilized by AMP 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 3–232（230 aa）链 G 3–232（230 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MES ph 6.0 2.2M Sodium Malonate	分辨率 2.59 Å R-free 0.271

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1433B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234

Exoenzyme S

Pseudomonas aeruginosa

UniProt Q93SQ1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 233–453	突变：E379A, E381A	14-3-3 protein beta/alpha × 2 （P31946） CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50% MPD, 8% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 2.55 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GNK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1R4T Solution structure of exoenzyme S 提交 2003-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 96–234（139 aa）片段：GAP-DOMAIN (RESIDUES 96-234)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1.2 mM exos [U-95% 13C; U-90% 15N]50mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6GN8 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form 提交 2018-05-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 233–453（221 aa）	突变：E379A, E381A	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；40% MPD, 8% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 2.34 Å R-free 0.248
6GNJ Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form in complex with STO1101 提交 2018-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 233–453（221 aa）	突变：E379A, E381A	F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；40% MPD, 7% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 3.24 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q93SQ1_PSEAI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 24–244； UniProt 233–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gnk
沉积日期 deposition_date	2018-05-31
结构标题 title	Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form bound to Carba-NAD
关键词 keywords	EXOS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ADP-RIBOSYLATION, NAD, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.03 Å
零角强度 I(0) i0	93184300.00
分子量 molecular_weight	74851.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92859 Å³
包络体积 envelope_volume	126870 Å³
水化壳体积 shell_volume	32981 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.05 Å
包络 Rg envelope_rg	32.17 Å
形状 Rg shape_rg	33.03 Å
总 Rg total_rg	33.52 Å
总原子数 total_atoms	5256
残基数 n_residues	661
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8810
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.673

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 protein beta/alpha
分子量 formula_weight	28079.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5282

MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFYLKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENENLYFQSLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exoenzyme S
分子量 formula_weight	26213.0 kDa
突变 mutation	E379A, E381A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSQDPNSENLYFQGADKALADGLVKRFGADAEKYLGRQPGGIHSDAEVMALGLYTGIHYADLNRALRQGQELDAGQKLIDQGMSAAFEKSGQAEQVVKTFRGTRGGDAFNAVEEGKVGHDDGYLSTSLNPGVARSFGQGTISTVFGRSGIDVSGISNYKNAKAILYNKETDMRVLLSASDEQGVTRRVLEEAALGELSGHSQGLLDALDLASKPEPSGEVQEQDVRLRMRGLDLA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	662.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6gnka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

结构域编号 domain_id	d6gnkb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6gnkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6gnkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	160.920 Å
晶胞边长 b length_b	56.770 Å
晶胞边长 c length_c	120.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	126.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	48.400 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/gn/6gnk/6gnk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/6gnk/6gnk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/6gnk/6gnk.dat

Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, trimeric crystal form bound to Carba-NAD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein beta/alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exoenzyme S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)