6gnn

Exoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form bound to STO1101

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein beta/alpha

Homo sapiens

UniProt P31946

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–239 未记录 Exoenzyme T × 2 (Q9I788) F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;293 K;12% PEG 6000, 0.1M Citrate 分辨率 3.79 Å R-free 0.385

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–239; UniProt 1–239

Exoenzyme T

Pseudomonas aeruginosa PAO1

UniProt Q9I788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 235–457 未记录 14-3-3 protein beta/alpha × 2 (P31946) F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;293 K;12% PEG 6000, 0.1M Citrate 分辨率 3.79 Å R-free 0.385

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9I788_PSEAE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 24–246; UniProt 235–457

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6gnn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6gnn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6gnn
沉积日期 deposition_date2018-05-31
结构标题 titleExoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form bound to STO1101
关键词 keywordsEXOT, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ADP-RIBOSYLATION, NAD, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.24
零角强度 I(0) i039718300.00
分子量 molecular_weight47258.0 kDa
排除体积 excluded_volume58500 ų
包络体积 envelope_volume75243 ų
水化壳体积 shell_volume24667 ų
包络直径 envelope_diameter104.5
壳层 Rg shell_rg32.34
包络 Rg envelope_rg27.57
形状 Rg shape_rg27.22
总 Rg total_rg27.84
总原子数 total_atoms3322
残基数 n_residues423
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.5
Rg (实空间) rg_real27.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real3.9720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39720000.0000
解质量估计 total_estimate0.8092
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.2
偏度 Skewness skewness0.535
峰度 Kurtosis kurtosis-0.300
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11250000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.643; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.645; Smooth: 0.942

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6gnnA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)