SAXSdb — 6h0f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 DNA-binding protein Ikaros × 1 （Q13422） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 DNA-binding protein Ikaros × 1 （Q13422） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 DNA-binding protein Ikaros × 1 （Q13422） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 DNA-binding protein Ikaros × 1 （Q13422） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 20–426； UniProt 36–442 作者链 E； PDB构建体 20–426； UniProt 36–442 作者链 H； PDB构建体 20–426； UniProt 36–442 作者链 K； PDB构建体 20–426； UniProt 36–442

DNA-binding protein Ikaros

Homo sapiens

UniProt Q13422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1 × 1 Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZINC ION × 2 S-Pomalidomide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IKZF1_HUMAN
Isoform	Q13422-4
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–38； UniProt 97–130 作者链 F； PDB构建体 5–38； UniProt 97–130 作者链 I； PDB构建体 5–38； UniProt 97–130 作者链 L； PDB构建体 5–38； UniProt 97–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h0f
沉积日期 deposition_date	2018-07-09
结构标题 title	Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2)
关键词 keywords	E3 ubiquitin ligase, drug mediated protein-interaction, targeted protein degradation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6h0f__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6h0f__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6h0f__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.82 Å
Rg（电子密度）	34.97 Å
总 Rg	35.48 Å
原子数	19570
残基数	1249
排除体积	175430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6h0f__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6h0f__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6h0f__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6h0f__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	95773.7 kDa
突变 mutation	;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	77598

MHHHHHHVDEENLYFQGGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGGNGNSGEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni cypovirus 15

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	48976.1 kDa
突变 mutation	N-terminally truncated (1-40 aa deleted)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MDWSHPQFEKSAVDENLYFQGGGRAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQLESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVILCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-binding protein Ikaros
分子量 formula_weight	4193.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

GGGRGERPFQCNQCGASFTQKGNLLRHIKLHSGEKPFK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	S-Pomalidomide
分子量 formula_weight	273.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	6h0fA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6h0fA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6h0fG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6h0fG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6h0fJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	910 —

结构域编号 domain_id	6h0fJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6h0fJ03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	161.450 Å
晶胞边长 b length_b	177.860 Å
晶胞边长 c length_c	242.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	39.850 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2340

Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-binding protein Ikaros

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h0f__assembly_4__model_1

6h0f__assembly_4__model_1 | I(q)

6h0f__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-binding protein Ikaros

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h0f__assembly_4__model_1

6h0f__assembly_4__model_1 | I(q)

6h0f__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)