SAXSdb — 6h7j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-1 adrenergic receptor × 1 （P07700） Camelid antibody fragment Nb80 × 1 ISOPRENALINE × 1 SODIUM ION × 1 HEGA-10 × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-1 adrenergic receptor × 1 （P07700） Camelid antibody fragment Nb80 × 1 ISOPRENALINE × 1 SODIUM ION × 1 HEGA-10 × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109 作者链 F； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109

Beta-1 adrenergic receptor

Meleagris gallopavo

UniProt P07700

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin 1 × 1 （P0AA25） Camelid antibody fragment Nb80 × 1 ISOPRENALINE × 1 SODIUM ION × 1 HEGA-10 × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin 1 × 1 （P0AA25） Camelid antibody fragment Nb80 × 1 ISOPRENALINE × 1 SODIUM ION × 1 HEGA-10 × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADRB1_MELGA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–302； UniProt 44–368 作者链 B； PDB构建体 6–302； UniProt 44–368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h7j
沉积日期 deposition_date	2018-07-31
结构标题 title	ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80
关键词 keywords	Beta1 Adrenoceptor, Activated, Agonist, Nanobody, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6h7j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6h7j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6h7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.97 Å
Rg（电子密度）	32.41 Å
总 Rg	32.54 Å
原子数	4076
残基数	515
排除体积	74039 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6h7j__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6h7j__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin 1
分子量 formula_weight	11784.4 kDa
突变 mutation	C32S,C35S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F
原子数 atom_count	8094

SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWSGPSKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-1 adrenergic receptor
分子量 formula_weight	35002.8 kDa
突变 mutation	R68S,M90V,C116L,F327A,F338M,C358A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

AAAKVMSLLMALVVLLIVAGNVLVIAAIGSTQRLQTLTNLFITSLACADLVVGLLVVPFGATLVVRGTWLWGSFLCELWTSLDVLCVTASIETLCVIAIDRYLAITSPFRYQSLMTRARAKVIICTVWAISALVSFLPIMMHWWRDEDPQALKCYQDPGCCDFVTNRAYAIASSIISFYIPLLIMIFVYLRVYREAKEQIRKIDRASKRKTSRVMAMKEHKALKTLGIIMGVFTLCWLPFFLVNIVNVFNRDLVPDWLFVAFNWLGYANSAMNPIIYCRSPDFRKAFKRLLAFPRKADRRLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Meleagris gallopavo
通用名 common_name	turkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9103
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Camelid antibody fragment Nb80
分子量 formula_weight	13042.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SQVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSIFSINTMGWYRQAPGKQRELVAAIHSGGSTNYANSVKGRFTISRDNAANTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVKDYGAVLYEYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOPRENALINE
分子量 formula_weight	211.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HEGA-10
分子量 formula_weight	379.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6h7jc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6h7jc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6h7jd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6h7jd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6h7je_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d6h7jf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6h7jA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	6h7jB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	6h7jE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6h7jF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	116.727 Å
晶胞边长 b length_b	121.183 Å
晶胞边长 c length_c	129.539 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	41.380 Å
R 因子 r_factor	0.2864
R_work r_work	0.2848
R_free r_free	0.3175

ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-1 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h7j__assembly_1__model_1

6h7j__assembly_1__model_1 | I(q)

6h7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-1 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h7j__assembly_1__model_1

6h7j__assembly_1__model_1 | I(q)

6h7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)