SAXSdb — 6h7w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 8 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 4 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 2 （G0SH11） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 2 （G0RZB5） Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 2 （G0S709）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S0E6_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 5–296 作者链 J； PDB构建体 1–292； UniProt 5–296

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0SH11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein × 2 （G0S0E6） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 2 （G0RZB5） Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 2 （G0S709）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SH11_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 B； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 E； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 F； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 G； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 H； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 N； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 P； PDB构建体 1–368； UniProt 183–550 作者链 D； PDB构建体 1–129； UniProt 183–311 作者链 K； PDB构建体 1–129； UniProt 183–311 作者链 L； PDB构建体 1–129； UniProt 183–311 作者链 V； PDB构建体 1–129； UniProt 183–311 作者链 M； PDB构建体 1–220； UniProt 331–550 作者链 O； PDB构建体 1–220； UniProt 331–550

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0RZB5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein × 2 （G0S0E6） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 8 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 4 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 2 （G0SH11） Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 2 （G0S709）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0RZB5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–193； UniProt 2–194 作者链 T； PDB构建体 1–193； UniProt 2–194

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0S709

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein × 2 （G0S0E6） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 8 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 4 （G0SH11） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 2 （G0SH11） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 2 （G0RZB5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S709_CHATD
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–846； UniProt 12–857 作者链 R； PDB构建体 1–846； UniProt 12–857

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h7w
沉积日期 deposition_date	2018-07-31
结构标题 title	Model of retromer-Vps5 complex assembled on membrane.
关键词 keywords	retromer, endosome, sorting nexin, BAR, membrane trafficking, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6h7w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6h7w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6h7w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	99.98 Å
Rg（电子密度）	101.30 Å
总 Rg	101.00 Å
原子数	95648
残基数	6188
排除体积	893770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6h7w__assembly_1__model_1`	eicosameric （20）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
分子量 formula_weight	34308.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,C
原子数 atom_count	95648

FSTPVDIDIVLADADKRAMVDVKLDKNRREKVPLYMDGESVKGCVTVRPKDGKRLEHTGIKVQFIGTIEMFFDRGNHYEFLSLVQELAAPGELQHPQTFDFNFKNVEKQYESYNGINVKLRYFVRVTVSRRMADVIREKDIWVYSYRIPPELNSSIKMDVGIEDCLHIEFEYSKSKYHLKDVIVGRIYFLLVRLKIKHMELSIIRRETTGVAPNQYNESETLVRFEIMDGSPSRGETIPIRLFLGGFDLTPTFRDVNKKFSTRYYLSLVLIDEDARRYFKQSEIILYRQPPE

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子量 formula_weight	42060.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,G,E,P,N,H,F

ARPTFHITVGDPHKVGDLATSHIVYSVRTKTTSKAYKQPEFEVKRRYRDFLWLYNTLHSNNPGVVVPPPPEKQAVGRFESNFVESRRAALEKMLNKIAAHPTLQLDADLKLFLESESFNIDVKHKERKEPPLGESKGVFGSLGFGGGGNKFVEQDDWFHDRRVYLDALENQLKALLKAMDNMVAQRKAMAEAAADFSASLHALSTVELSPTLSGPLDALSELQLAIRDVYERQAQQDVLTFGIIIEEYIRLIGSVKQAFSQRQKAFHSWHSAESELMKKKAAQDKLLRQGKTQQDRLNQVNAEVIDAERKVHQARLLFEDMGRLLRSELDRFEREKVEDFKSGVETFLESAVEAQKELIEKWETFLMQ

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子量 formula_weight	14898.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,K,V,L

ARPTFHITVGDPHKVGDLATSHIVYSVRTKTTSKAYKQPEFEVKRRYRDFLWLYNTLHSNNPGVVVPPPPEKQAVGRFESNFVESRRAALEKMLNKIAAHPTLQLDADLKLFLESESFNIDVKHKERKE

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子量 formula_weight	25477.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,M

NKFVEQDDWFHDRRVYLDALENQLKALLKAMDNMVAQRKAMAEAAADFSASLHALSTVELSPTLSGPLDALSELQLAIRDVYERQAQQDVLTFGIIIEEYIRLIGSVKQAFSQRQKAFHSWHSAESELMKKKAAQDKLLRQGKTQQDRLNQVNAEVIDAERKVHQARLLFEDMGRLLRSELDRFEREKVEDFKSGVETFLESAVEAQKELIEKWETFLMQ

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	21470.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

AFLILVIGNLHIPDRALDIPPKFKKLLSPGKISQTLCLGNLTDRATYDYLRSISPDLKIVRGRMDVEATSLPLMQVVTHGSLRIGFLEGFTLVSEEPDVLLAEANKLDVDVLCWAGGSHRFECFEYMDKFFVNPGSATGAFTTDWLAEGEEVVPSFCLMDVQGISLTLYVYQLRKDENGTENVAVEKVTYTKP

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	96140.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R

RLLEDALIAVRQQTAMMRKFLDTPGKLMDALKCCSTLVSELRTSSLSPKQYYELYMAVFDALRYLSAHLRENHPVNHLADLYELVQYAGNIIPRLYLMITVGTAYMSIDGAPVKELMKDMMDMSRGVQHPVRGLFLRYYLSGQARDYLPTGDSDGPEGNLQDSINFILTNFVEMNKLWVRLQHQGHSRERDLRTQERRELQLLVGSNIVRLSQLVDLPTYRDSILGPLLEQIVQCRDILAQEYLLEVITQVFPDEYHLHTLDQFLGAVSRLNPHVNVKAIVIGMMNRLSDYAERESQNEPEEDRAKLEEEALAKLLEKTKLGQNSELEPQNGDHPDTEVSSTTDSAQAPSTADSDTTAVNGEEEPVRKRRGIPVNVPLYDIFFDQVQHLVQAQHLPIQDTIALCCSLANLSLNIYPERLDYVDGILAYALAKVKEHANSADLHSQPAQQSLLSLLQSPLRRYVSIFTALSLPTYVSLFQAQTYPTRRAIAGEIVRTLLKNQTLISTPAHLENVLEILKVLIKEGSQPPAGYPGVVQPRARPLETDETMEEQGWLARLVHLIHSDDNDTQFRLLQMTRKAYAEGNERIRTTTPPLITAGLKLARRFKAREHYDDNWSSQSSSLFKFLHSAISTLYTRVNGPGVADLCLRLFCSCGQVADMTEFEEVAYEFFAQAFTVYEESISDSKAQFQAVCVIASALHRTRNFGRENYDTLITKCAQHASKLLRKPDQCRAVYLASHLWWATPIAARGETEDTELYRDGKRVLECLQRALRVADSCMETATSIELFVEILDRYVYYFDQRNESVTTKYLNGLIELIHSNLAGNQQDSASVEASRKHFIQTLEMIQ

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	11.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16037

Model of retromer-Vps5 complex assembled on membrane.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h7w__assembly_1__model_1

6h7w__assembly_1__model_1 | I(q)

6h7w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)