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6ha7

Crystal structure of the BiP NBD and MANF complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 132.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

Cricetulus griseus

UniProt G3I8R9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–413 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5 分辨率 2.49 Å R-free 0.256
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 28–413 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5 分辨率 2.49 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HA7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5O4P Crystal structure of AMPylated GRP78 提交 2017-05-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.212
5O4P Crystal structure of AMPylated GRP78 提交 2017-05-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–549（522 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.212
6EOB Crystal structure of AMPylated GRP78 in apo form (Crystal form 1) 提交 2017-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG1000, 0.1M NaKHPO4, PH6.2, 0.1M NaCl
分辨率 2.00 Å R-free 0.280
6EOC Crystal structure of AMPylated GRP78 in apo form (Crystal form 2) 提交 2017-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；5% PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, ph4.2, 0.2M LI2SO4
分辨率 1.67 Å R-free 0.249
6EOE Crystal structure of AMPylated GRP78 with nucleotide 提交 2017-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5%PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, PH4.2, 0.2M Li2SO4
分辨率 1.71 Å R-free 0.246
6EOF Crystal structure of AMPylated GRP78 in ADP state 提交 2017-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；293 K；9% PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, ph4.4, 0.2M Li2SO4
分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6H9U Crystal structure of the BiP NBD and MANF SAP complex 提交 2018-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–413（386 aa）
未记录 MLT D-MALATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.92 M sodium malonate
分辨率 1.57 Å R-free 0.204
6HAB Crystal structure of BiP V461F (apo) 提交 2018-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–549（522 aa）
突变：V461F PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；8% PEG1000, 0.1M Tris-HCl pH8.5
分辨率 2.08 Å R-free 0.271
6ZYH Crystal structure of GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BiP) ATPase domain in complex with ADP and calcium 提交 2020-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–406（379 aa）
链 B 28–406（379 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；26% PEG6000, 0.2M CaCl2, 0.1MNaOAc Ph5
分辨率 1.88 Å R-free 0.225
7A4U Crystal structure of lid-truncated apo BiP in an oligomeric state 提交 2020-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–549（522 aa）
突变：T229A, V461F GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 0.2 M trisodium citrate dihydrate, 20% PEG 3350
分辨率 1.77 Å R-free 0.217
7A4V Crystal structure of lid-truncated ADP-bound BiP in an oligomeric state 提交 2020-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–549（522 aa）
突变：T229A, V461F ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 4 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate, 20% PEG 3350
分辨率 1.94 Å R-free 0.226
7B7Z DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 1) 提交 2020-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–549（522 aa）
突变：T229A, V461F AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5 10% PEG 4000 0.2 M NaCl
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
7B80 DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2) 提交 2020-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–549（522 aa）
突变：T229A, V461F AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.1 M Tris pH 8.0 25% PEG 400
分辨率 1.87 Å R-free 0.228

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIP_CRIGR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–387； UniProt 28–413 作者链 B； PDB构建体 2–387； UniProt 28–413

Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

Mus musculus

UniProt Q9CXI5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 22–179 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5 分辨率 2.49 Å R-free 0.256
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 22–179 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5 分辨率 2.49 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HA7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6H9U Crystal structure of the BiP NBD and MANF SAP complex 提交 2018-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 126–169（44 aa）
未记录 MLT D-MALATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.92 M sodium malonate
分辨率 1.57 Å R-free 0.204

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MANF_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 22–179 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 22–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ha7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ha7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ha7
沉积日期 deposition_date2018-08-07
结构标题 titleCrystal structure of the BiP NBD and MANF complex
关键词 keywordsMANF, BiP, NBD, NDI, ARMET, HSP70, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.30 Å
零角强度 I(0) i0206647000.00
分子量 molecular_weight116950.0 kDa
排除体积 excluded_volume146620 ų
包络体积 envelope_volume207890 ų
水化壳体积 shell_volume43915 ų
包络直径 envelope_diameter138.8 Å
壳层 Rg shell_rg44.34 Å
包络 Rg envelope_rg39.71 Å
形状 Rg shape_rg40.30 Å
总 Rg total_rg40.52 Å
总原子数 total_atoms8222
残基数 n_residues1066
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.7 Å
Rg (实空间) rg_real40.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal206600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8824
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.8 Å
偏度 Skewness skewness0.239
峰度 Kurtosis kurtosis-0.629
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21070000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.790
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6ha7a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6ha7a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6ha7a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6ha7b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6ha7b2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6ha7b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6ha7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6ha7A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id6ha7A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6ha7A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6ha7B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6ha7B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id6ha7B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6ha7B04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)