6io4

Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
13	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
14	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
15	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
16	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	SILVER ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G3P1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 B； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 C； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 D； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 E； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 F； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 G； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 H； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 I； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 J； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 K； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 L； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 M； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 N； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 O； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331 作者链 P； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6io4
沉积日期 deposition_date	2018-10-29
结构标题 title	Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
关键词 keywords	silver, dehydrogenase, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6io4__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6io4__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6io4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.95 Å
Rg（电子密度）	20.20 Å
总 Rg	20.91 Å
原子数	2429
残基数	329
排除体积	43231 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6io4__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6io4__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6io4__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6io4__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6io4__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6io4__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6io4__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6io4__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`6io4__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`6io4__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`6io4__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`6io4__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`6io4__assembly_13__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`6io4__assembly_14__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`6io4__assembly_15__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`6io4__assembly_16__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6io4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4I02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4J02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4L02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4M02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4N02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4O02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	6io4P02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

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晶胞边长 a length_a	87.991 Å
晶胞边长 b length_b	110.019 Å
晶胞边长 c length_c	139.712 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	87.66 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	87.26 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	87.773 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1747
R_free r_free	0.2397

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
分子量 formula_weight	35287.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.12
突变 mutation	D78G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	38671

Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6io4__assembly_4__model_1

6io4__assembly_4__model_1 | I(q)

6io4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	SILVER ION
分子量 formula_weight	107.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6io4__assembly_4__model_1

6io4__assembly_4__model_1 | I(q)

6io4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)