6io6

Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-catalytic site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–331	突变：D79G	AG SILVER ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 2.64 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6IO6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–330（330 aa）片段：APO 链 B 1–330（330 aa）片段：APO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–330（330 aa）片段：APO 链 B 1–330（330 aa）片段：APO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–330（330 aa）链 B 1–330（330 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–330（330 aa）链 B 1–330（330 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–330（330 aa）片段：APO 链 B 1–330（330 aa）片段：APO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–330（330 aa）片段：APO 链 B 1–330（330 aa）片段：APO	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–330（330 aa）片段：HOLO 链 B 1–330（330 aa）片段：HOLO	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.291
1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–330（330 aa）片段：HOLO 链 B 1–330（330 aa）片段：HOLO	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.291
1GAD COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 1–330（330 aa）链 P 1–330（330 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1GAE COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 1–330（330 aa）链 P 1–330（330 aa）	突变：N313T 突变：N313T	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.17 Å
1S7C Crystal structure of MES buffer bound form of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Escherichia coli 提交 2004-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–330（330 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 20 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.220
2VYN Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–331（331 aa）链 B 1–331（331 aa）链 C 1–331（331 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.224
2VYV Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–331（331 aa）链 B 1–331（331 aa）链 C 1–331（331 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5	分辨率 2.38 Å R-free 0.251
5O0V crystal structure of E. coli GAP-DH by fortuitous crystallization as an impurity from a solution of human liver FBPase 提交 2017-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–331（330 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；unknown	分辨率 2.40 Å R-free 0.189
5ZA0 A cryo-protectant induces the conformational change of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 提交 2018-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–331（331 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277.15 K；Ammonium sulfate, MES	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 N 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 O 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 3–331（329 aa）	突变：D78G	AG SILVER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IOJ Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A (apo-form) 提交 2018-10-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–331（329 aa）	突变：D79G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Malic acid, PEG3350 25%	分辨率 2.29 Å R-free 0.221

共 13 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G3P1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 3–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6io6
沉积日期 deposition_date	2018-10-29
结构标题 title	Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-catalytic site
关键词 keywords	silver, dehydrogenase, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.30 Å
零角强度 I(0) i0	21254600.00
分子量 molecular_weight	34488.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42923 Å³
包络体积 envelope_volume	51878 Å³
水化壳体积 shell_volume	21459 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.59 Å
包络 Rg envelope_rg	20.36 Å
形状 Rg shape_rg	20.34 Å
总 Rg total_rg	21.01 Å
总原子数 total_atoms	2413
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8820
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.305
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3606000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.958

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
分子量 formula_weight	35287.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.12
突变 mutation	D79G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2415

IKVGINGFGRIGRIVFRAAQKRSDIEIVAINDLLDADYMAYMLKYDSTHGRFDGTVEVKDGHLIVNGKKIRVTAERGPANLKWDEVGVDVVAEATGLFLTDETARKHITAGAKKVVMTGPSKDNTPMFVKGANFDKYAGQDIVSNASCTTNCLAPLAKVINDNFGIIEGLMTTVHATTATQKTVDGPSHKDWRGGRGASQNIIPSSTGAAKAVGKVLPELNGKLTGMAFRVPTPNVSVVDLTVRLEKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSNKVLDLIAHISK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SILVER ION
分子量 formula_weight	107.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6io6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	122.260 Å
晶胞边长 b length_b	122.260 Å
晶胞边长 c length_c	157.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	48.321 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2024
R_free r_free	0.2428

fit	/app/data/saxs_computation/io/6io6/6io6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/6io6/6io6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/6io6/6io6.dat