6ip4

Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arabidopsis JMJ13

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 90–578	片段：UNP residues 90-578	Histone H3.2 × 1 （P59226） NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	F4KIX0_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–490； UniProt 90–578

Histone H3.2

物种未注明

UniProt P59226

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–36	片段：UNP residues 25-36 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Arabidopsis JMJ13 × 1 （F4KIX0） NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6IP4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IUR crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：H3(1-15) K9me3 peptide (unp residues 2-16)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
4IUT crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：H3(1-15) K9me2 peptide (unp residues 2-16)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4IUU Crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me1 peptide 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：H3(1-15) K9me1 peptide (unp residues 2-16)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4IUV crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：H3(1-15)K4me1K9me1 peptide (unp residues 2-16)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–36（15 aa）片段：residues 22-36	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–36（15 aa）片段：residues 22-36	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–37（14 aa）片段：residues 24-37	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–37（14 aa）片段：residues 24-37	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
5YKO Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ14 catalytic domain in complex with NOG and H3K4me3 peptide 提交 2017-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–11（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Na2SO4, 20% PEG 3350, 0.1M bis-tris propane, pH 6.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
5Z8L crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 21–36（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M sodium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 21–37（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.232
5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 21–37（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.232
5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
6LQE Crystal structure of Arabidopsis ARID5 PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2020-01-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
6LQF Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in complex with H3K4me3 peptide and DNA 提交 2020-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 15% MPD	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
7CCE crystal structure of Arabidopsis AIPP3 BAH domain in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2020-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 21–38（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, and 2.4 M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
7DE9 crystal structure of Arabidopsis RDM15 tudor domain in complex with an H3K4me1 peptide 提交 2020-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG 1000	分辨率 1.71 Å R-free 0.202
7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 2–46（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6	分辨率 3.17 Å R-free 0.318
7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 2–46（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6	分辨率 3.17 Å R-free 0.318
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
8J90 Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.71 Å
8J91 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana histones 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8J92 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana H2A.W 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 25–32（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.212
8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 25–32（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.212
8KCB Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
8KCC Complex of DDM1-nucleosome(H2A.W) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WH5 Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8WH8 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8WH9 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8WHA Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8WHB Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana 提交 2023-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9K43 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9M4R crystal structure of Arabidopsis thaliana ING1 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–11（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40% PEG400, 5% PEG3000, and 0.1M MES, pH 6.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
9M4S crystal structure of Arabidopsis thaliana ING2 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–11（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M NiCl2, 20% PEG2000 MME, and 0.1M Tris, pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.225

共 36 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 25–36

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ip4
沉积日期 deposition_date	2018-11-02
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide
关键词 keywords	histone modification, flowering, epigenetics, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.36 Å
零角强度 I(0) i0	50767600.00
分子量 molecular_weight	54882.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68407 Å³
包络体积 envelope_volume	82658 Å³
水化壳体积 shell_volume	28334 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.68 Å
包络 Rg envelope_rg	24.61 Å
形状 Rg shape_rg	24.28 Å
总 Rg total_rg	25.43 Å
总原子数 total_atoms	3835
残基数 n_residues	478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Arabidopsis JMJ13
分子量 formula_weight	55335.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3892

SETDDLKWTERLPECPVYRPTKEEFEDPLTYLQKIFPEASKYGICKIVSPLTATVPAGAVLMKEKSNFKFTTRVQPLRLAEWDSDDKVTFFMSGRTYTFRDYEKMANKVFARRYCSGGSLPDSFLEKEFWKEIACGKTETVEYACDVDGSAFSSAPGDPLGSSKWNLNKVSRLPKSTLRLLETSIPGVTEPMLYIGMLFSMFAWHVEDHYLYSINYQHCGASKTWYGIPGSAALKFEKVVKECVYNDDILSTNGEDGAFDVLLGKTTIFPPKTLLDHNVPVYKAVQKPGEFVVTFPRAYHAGFSHGFNCGEAVNFAMGDWFPFGAIASCRYAHLNRVPLLPHEELICKEAMLLNSSSKSENLDLTPTELSGQRSIKTAFVHLIRFLHLARWSLMKSGLCTGLVSNTYGTIVCSLCKRDCYLAFINCECYSHPVCLRHDVKKLDLPCGTTHTLYLRDNIEDMEAAAMKFEKEDGVSDLITTDEDLYKYPSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	1129.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AARKSAPATGGV

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6ip4A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.794 Å
晶胞边长 b length_b	128.794 Å
晶胞边长 c length_c	230.642 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.367 Å
R 因子 r_factor	0.2146
R_work r_work	0.2128
R_free r_free	0.2465

fit	/app/data/saxs_computation/ip/6ip4/6ip4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ip/6ip4/6ip4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ip/6ip4/6ip4.dat

Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arabidopsis JMJ13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)