6kj6

cryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli K-12

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P13445) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 Sigma factor-binding protein Crl × 1 (B1J0Z4) ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 B; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli K-12

UniProt P0A8V2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P13445) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 Sigma factor-binding protein Crl × 1 (B1J0Z4) ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1342; UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A8T7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P13445) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 Sigma factor-binding protein Crl × 1 (B1J0Z4) ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1407; UniProt 1–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli K-12

UniProt P0A800

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P13445) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 Sigma factor-binding protein Crl × 1 (B1J0Z4) ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOZ_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91

RNA polymerase sigma factor RpoS

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P13445

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 Sigma factor-binding protein Crl × 1 (B1J0Z4) ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOS_ECOLI
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 5–334; UniProt 1–330

Sigma factor-binding protein Crl

Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks)

UniProt B1J0Z4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P13445) DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 CRL_ECOLC
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 5–137; UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6kj6
沉积日期 deposition_date2019-07-21
结构标题 titlecryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex
关键词 keywords;RNA polymerase, Escherichia coli, Crl, transcription activation, transcription initiation, transcription regulator, sigma S, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kj6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kj6__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kj6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)50.62 Å
Rg(电子密度)50.00 Å
总 Rg50.06 Å
原子数26496
残基数3591
排除体积463730 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6kj6__assembly_1__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6kj6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6kj6A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6kj6B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6kj6B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6kj6C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6kj6D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id6kj6E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id6kj6J00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Sigma factor-binding protein Crl monomer
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7. 引用文献 (1)