6kuz

E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactosidase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde ; × 4 SODIUM ION × 12 DIMETHYL SULFOXIDE × 42 MAGNESIUM ION × 8 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde ; × 4 SODIUM ION × 12 DIMETHYL SULFOXIDE × 28 MAGNESIUM ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BGAL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 B； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 C； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 D； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kuz
沉积日期 deposition_date	2019-09-03
结构标题 title	E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01
关键词 keywords	beta-galactosidase, fluorescent probe, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kuz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kuz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kuz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.04 Å
Rg（电子密度）	51.69 Å
总 Rg	51.95 Å
原子数	32846
残基数	4082
排除体积	577940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6kuz__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6kuz__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-galactosidase
分子量 formula_weight	116601.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.23
突变 mutation	E537Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	33232

MTMITDSLAVVLQRRDWENPGVTQLNRLAAHPPFASWRNSEEARTDRPSQQLRSLNGEWRFAWFPAPEAVPESWLECDLPEADTVVVPSNWQMHGYDAPIYTNVTYPITVNPPFVPTENPTGCYSLTFNVDESWLQEGQTRIIFDGVNSAFHLWCNGRWVGYGQDSRLPSEFDLSAFLRAGENRLAVMVLRWSDGSYLEDQDMWRMSGIFRDVSLLHKPTTQISDFHVATRFNDDFSRAVLEAEVQMCGELRDYLRVTVSLWQGETQVASGTAPFGGEIIDERGGYADRVTLRLNVENPKLWSAEIPNLYRAVVELHTADGTLIEAEACDVGFREVRIENGLLLLNGKPLLIRGVNRHEHHPLHGQVMDEQTMVQDILLMKQNNFNAVRCSHYPNHPLWYTLCDRYGLYVVDEANIETHGMVPMNRLTDDPRWLPAMSERVTRMVQRDRNHPSVIIWSLGNESGHGANHDALYRWIKSVDPSRPVQYEGGGADTTATDIICPMYARVDEDQPFPAVPKWSIKKWLSLPGETRPLILCQYAHAMGNSLGGFAKYWQAFRQYPRLQGGFVWDWVDQSLIKYDENGNPWSAYGGDFGDTPNDRQFCMNGLVFADRTPHPALTEAKHQQQFFQFRLSGQTIEVTSEYLFRHSDNELLHWMVALDGKPLASGEVPLDVAPQGKQLIELPELPQPESAGQLWLTVRVVQPNATAWSEAGHISAWQQWRLAENLSVTLPAASHAIPHLTTSEMDFCIELGNKRWQFNRQSGFLSQMWIGDKKQLLTPLRDQFTRAPLDNDIGVSEATRIDPNAWVERWKAAGHYQAEAALLQCTADTLADAVLITTAHAWQHQGKTLFISRKTYRIDGSGQMAITVDVEVASDTPHPARIGLNCQLAQVAERVNWLGLGPQENYPDRLTAACFDRWDLPLSDMYTPYVFPSENGLRCGTRELNYGPHQWRGDFQFNISRYSQQQLMETSHRHLLHAEEGTWLNIDGFHMGIGGDDSWSPSVSAEFQLSAGRYHYQLVWCQK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde ;
分子量 formula_weight	537.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	457

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d6kuza1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuza2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuza3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuza4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuza5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzb4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzb5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzc3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzc4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzc5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzd3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzd4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.4 — beta-Galactosidase/glucuronidase domain
家族 Family family	b.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kuzd5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	248.174 Å
晶胞边长 b length_b	85.506 Å
晶胞边长 c length_c	243.052 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	29.500 Å
R 因子 r_factor	0.1838
R_work r_work	0.1817
R_free r_free	0.2243

E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kuz__assembly_1__model_1

6kuz__assembly_1__model_1 | I(q)

6kuz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kuz__assembly_1__model_1

6kuz__assembly_1__model_1 | I(q)

6kuz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)