6l4z

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1418–1455 未记录 Genome polyprotein × 1 (H8XX12) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1419–1455 未记录 Genome polyprotein × 1 (H8XX12) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1418–1455 未记录 Genome polyprotein × 1 (H8XX12) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1418–1457 未记录 Genome polyprotein × 1 (H8XX12) E5X 4-(hydroxymethyl)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、299 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1, 3, 6
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–38; UniProt 1418–1455 作者链 E; PDB构建体 1–38; UniProt 1418–1455 作者链 C; PDB构建体 1–37; UniProt 1419–1455 作者链 G; PDB构建体 1–40; UniProt 1418–1457

Genome polyprotein

Zika virus

UniProt H8XX12

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1512–1666 未记录 Genome polyprotein × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1514–1666 未记录 Genome polyprotein × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1515–1666 未记录 Genome polyprotein × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1508–1666 未记录 Genome polyprotein × 1 (Q32ZE1) E5X 4-(hydroxymethyl)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.90 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H8XX12_ZIKV
Isoform
PDB实体 2, 4, 5, 7
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–155; UniProt 1512–1666 作者链 D; PDB构建体 1–153; UniProt 1514–1666 作者链 F; PDB构建体 1–152; UniProt 1515–1666 作者链 H; PDB构建体 1–159; UniProt 1508–1666

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6l4z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6l4z
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6l4z
沉积日期 deposition_date2019-10-21
结构标题 titleCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 6
关键词 keywordsViral protease, Protease inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.79
零角强度 I(0) i0100455000.00
分子量 molecular_weight79808.0 kDa
排除体积 excluded_volume99811 ų
包络体积 envelope_volume134590 ų
水化壳体积 shell_volume34040 ų
包络直径 envelope_diameter106.8
壳层 Rg shell_rg39.52
包络 Rg envelope_rg33.08
形状 Rg shape_rg33.78
总 Rg total_rg34.31
总原子数 total_atoms5622
残基数 n_residues761
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.1
Rg (实空间) rg_real34.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real1.0050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal100500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9031
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary49.3
偏度 Skewness skewness0.119
峰度 Kurtosis kurtosis-0.807
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19550000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.964

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6l4za_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l4zb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l4zc_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l4zd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l4ze_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l4zf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l4zg_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l4zh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6l4zB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l4zB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l4zD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l4zD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l4zF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l4zF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l4zH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l4zH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)