SAXSdb — 8y9v

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y9v
沉积日期 deposition_date	2024-02-07
最后修订 last_revision	2024-02-28
结构标题 title	ZIKV NS2B/NS3 protease
关键词 keywords	ZIKV, NS2B/NS3 protease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.08 Å
零角强度 I(0) i0	29516400.00
分子量 molecular_weight	41224.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51452 Å³
包络体积 envelope_volume	62657 Å³
水化壳体积 shell_volume	23096 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.58 Å
包络 Rg envelope_rg	23.26 Å
形状 Rg shape_rg	23.04 Å
总 Rg total_rg	23.99 Å
总原子数 total_atoms	2904
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7164
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine protease subunit NS2B
分子量 formula_weight	5865.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3067

MTGKSVDMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVEEDGPPMRE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Serine protease NS3
分子量 formula_weight	16354.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKSGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKR

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Serine protease NS3
分子量 formula_weight	17285.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VKKGETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKSGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKREEE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DAR-LYS-ORN-ARG
分子量 formula_weight	575.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

RKAR

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	163

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.753 Å
晶胞边长 b length_b	59.753 Å
晶胞边长 c length_c	213.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.770 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2477

fit	/app/data/saxs_computation/y9/8y9v/8y9v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/8y9v/8y9v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/8y9v/8y9v.dat

ZIKV NS2B/NS3 protease

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)