6l50

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 16

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1414–1464 未记录 NS3 protease × 1 (A0A142IX72) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1414–1464 未记录 NS3 protease × 1 (A0A142IX72) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1414–1464 未记录 NS3 protease × 1 (A0A142IX72) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1414–1464 未记录 NS3 protease × 1 (A0A142IX72) E60 2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、299 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–53; UniProt 1414–1464 作者链 C; PDB构建体 3–53; UniProt 1414–1464 作者链 E; PDB构建体 3–53; UniProt 1414–1464 作者链 G; PDB构建体 3–53; UniProt 1414–1464

NS3 protease

Zika virus (strain Mr 766)

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1497–1673 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1497–1673 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1497–1673 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1497–1673 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q32ZE1) E60 2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000 分辨率 1.95 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A142IX72_ZIKV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–178; UniProt 1497–1673 作者链 D; PDB构建体 2–178; UniProt 1497–1673 作者链 F; PDB构建体 2–178; UniProt 1497–1673 作者链 H; PDB构建体 2–178; UniProt 1497–1673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6l50

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6l50
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6l50
沉积日期 deposition_date2019-10-21
结构标题 titleCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 16
关键词 keywordsViral protease, Protease inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.71
零角强度 I(0) i0103513000.00
分子量 molecular_weight80055.0 kDa
排除体积 excluded_volume99726 ų
包络体积 envelope_volume135930 ų
水化壳体积 shell_volume34488 ų
包络直径 envelope_diameter109.1
壳层 Rg shell_rg39.39
包络 Rg envelope_rg32.78
形状 Rg shape_rg33.69
总 Rg total_rg34.22
总原子数 total_atoms5636
残基数 n_residues759
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.0
Rg (实空间) rg_real34.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real1.0350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9027
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.3
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.795
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20110000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6l50a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l50b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l50c_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l50d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l50e_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l50f_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd6l50g_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamilyg.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family familyg.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6l50h_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6l50B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l50B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l50D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l50D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l50F01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l50F02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6l50H01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id6l50H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)