SAXSdb — 6lbi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein O1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 151–265 链 D； UniProt 151–265	未记录	IRE0 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 151–265 链 H； UniProt 151–265	未记录	IRE0 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264
3	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 151–265 链 L； UniProt 151–265	未记录	IRE0 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6LBI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CO6 Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE1 DNA 提交 2008-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 151–249（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；277 K；22% PEG 4000, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
3CO7 Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE2 DNA 提交 2008-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 151–266（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；21% PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.91 Å R-free 0.276
3CO7 Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE2 DNA 提交 2008-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 151–266（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；21% PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.91 Å R-free 0.276
3COA Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to IRE DNA 提交 2008-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 151–266（116 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；30% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
3COA Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to IRE DNA 提交 2008-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 151–266（116 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；30% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
4LG0 Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–270（128 aa）片段：DNA Binding Domain, UNP residues 143-270	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 400, 0.05M 2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol, 0.1M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5DUI Identification of a new FoxO1 binding site that precludes CREB binding at the glucose-6-phosphatase catalytic subunit gene promoter 提交 2015-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 151–259（109 aa）片段：unp residues 151-259 链 B 151–259（109 aa）片段：unp residues 151-259	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-18% PEG 8000 0.1M Ammonium sulfate 20mM Magnesium chloride 50mM MES pH 5.6 10% glycerol	分辨率 2.31 Å R-free 0.245
6QVW Solution structure of the free FOXO1 DNA binding domain 提交 2019-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–272（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1 NMR样品组成 380 uM [U-13C; U-15N] FOXO1 DBD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM TCEP, 100 % n/a n/a, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 19–29（11 aa）链 O 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 19–29（11 aa）链 P 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 19–29（11 aa）链 U 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 19–29（11 aa）链 T 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
8A62 Small molecule stabilizer (compound 2) for FOXO1 and 14-3-3 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–29（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 L7L (3~{S})-1-[3,5-bis(chloranyl)-4-oxidanyl-phenyl]carbonyl-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES pH 7.5, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 24% PEG 400	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8A65 Small molecule stabilizer (compound 3) for FOXO1 and 14-3-3 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–28（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 L70 (3~{S})-1-[2-azanyl-3,5-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES pH 7.3, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 25% PEG 400	分辨率 1.60 Å R-free 0.193

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOXO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265 作者链 D； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265 作者链 G； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265 作者链 H； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265 作者链 K； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265 作者链 L； PDB构建体 4–118； UniProt 151–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lbi
沉积日期 deposition_date	2019-11-14
结构标题 title	Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence
关键词 keywords	Transcription factor, FOXO1, protein-DNA complex, DNA binding, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.68 Å
零角强度 I(0) i0	200633000.00
分子量 molecular_weight	89441.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101460 Å³
包络体积 envelope_volume	152860 Å³
水化壳体积 shell_volume	38975 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.38 Å
包络 Rg envelope_rg	32.56 Å
形状 Rg shape_rg	33.67 Å
总 Rg total_rg	34.09 Å
总原子数 total_atoms	6172
残基数 n_residues	598
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	200600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8939
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.480
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.925

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IRE0
分子量 formula_weight	6133.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J
原子数 atom_count	6172

ACCGTAAACATGTTTACGGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Forkhead box protein O1
分子量 formula_weight	13220.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H,K,L

GPSKSSSSRRNAWGNLSYADLITKAIESSAEKRLTLSQIYEWMVKSVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHNLSLHSKFIRVQNEGTGKSSWWMLNPEGGKSGKSPRRRAASMDNNSKFAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6lbic_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lbid_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lbig_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lbih_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lbik_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lbil_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.732 Å
晶胞边长 b length_b	89.090 Å
晶胞边长 c length_c	194.166 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.067 Å
最低分辨率 resolution_low	46.793 Å
R 因子 r_factor	0.2286
R_work r_work	0.2267
R_free r_free	0.2641

fit	/app/data/saxs_computation/lb/6lbi/6lbi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lb/6lbi/6lbi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lb/6lbi/6lbi.dat

Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein O1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)