SAXSdb — 6low

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-inactivating protein momordin I

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–286	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6LOW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AHA THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–269（246 aa）	未记录	ADE ADENINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1AHB THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–269（246 aa）	未记录	FMP FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1AHC THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–269（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1F8Q CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-MOMORCHARIN IN ACETONITRILE-WATER MIXTURE 提交 2000-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–286（263 aa）	未记录	PTD PENTANEDIAL × 3 CCN ACETONITRILE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；295 K；PEG 3350, Tris-HCl, ATP, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
1MOM CRYSTAL STRUCTURE OF MOMORDIN, A TYPE I RIBOSOME INACTIVATING PROTEIN FROM THE SEEDS OF MOMORDICA CHARANTIA 提交 1994-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–269（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.16 Å
1MRG STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–286（263 aa）	未记录	ADN ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1MRH STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–286（263 aa）	未记录	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1MRI STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–286（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
4YP2 Cleavage of nicotinamide adenine dinucleotides by the ribosome inactivating protein from Momordica charantia 提交 2015-03-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–269（246 aa）片段：UNP residues 24-269	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000, sodium phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.168
5CF9 Cleavage of nicotinamide adenine dinucleotide by the ribosome inactivating protein of Momordica charantia - enzyme-NADP+ co-crystallisation. 提交 2015-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–269（246 aa）片段：residues 24-269	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 4000, sodium phosphate	分辨率 1.52 Å R-free 0.168
6LOQ crystal structure of alpha-momorcharin in complex with cAMP 提交 2020-01-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.33 Å R-free 0.257
6LOR crystal structure of alpha-momorcharin in complex with ADP 提交 2020-01-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate,pH 6.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.251
6LOV crystal structure of alpha-momorcharin in complex with xanthosine 提交 2020-01-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	4UO 2,3-dihydroxanthosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.259
6LOY crystal structure of alpha-momorcharin in complex with dAMP 提交 2020-01-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.349
6LOZ crystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine 提交 2020-01-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	ADE ADENINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.08 Å R-free 0.222
6LP0 crystal structure of alpha-momorcharin in complex with AMP 提交 2020-01-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–286（286 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5	分辨率 1.52 Å R-free 0.299

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIP1_MOMCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–286； UniProt 1–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6low
沉积日期 deposition_date	2020-01-07
结构标题 title	crystal structure of alpha-momorcharin in complex with GMP
关键词 keywords	alpha-momorcharin, ribosome-inactivating protein, rRNA N-glycosidase, GMP, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.72 Å
零角强度 I(0) i0	13448200.00
分子量 molecular_weight	27924.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35202 Å³
包络体积 envelope_volume	39459 Å³
水化壳体积 shell_volume	18509 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.12 Å
包络 Rg envelope_rg	18.03 Å
形状 Rg shape_rg	17.70 Å
总 Rg total_rg	18.75 Å
总原子数 total_atoms	1970
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8023
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribosome-inactivating protein momordin I
分子量 formula_weight	31563.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2203

MSRFSVLSFLILAIFLGGSIVKGDVSFRLSGADPRSYGMFIKDLRNALPFREKVYNIPLLLPSVSGAGRYLLMHLFNYDGKTITVAVDVTNVYIMGYLADTTSYFFNEPAAELASQYVFRDARRKITLPYSGNYERLQIAAGKPREKIPIGLPALDSAISTLLHYDSTAAAGALLVLIQTTAEAARFKYIEQQIQERAYRDEVPSLATISLENSWSGLSKQIQLAQGNNGIFRTPIVLVDNKGNRVQITNVTSKVVTSNIQLLLNTRNIAEGDNGDVSTTHGFSSY

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6lowa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.920 Å
晶胞边长 b length_b	130.920 Å
晶胞边长 c length_c	36.832 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.390 Å
最低分辨率 resolution_low	23.927 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1833
R_free r_free	0.2096

fit	/app/data/saxs_computation/lo/6low/6low.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/6low/6low.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/6low/6low.dat

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with GMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-inactivating protein momordin I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction