6m32

Cryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriochlorophyll a protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 48 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 Bacteriochlorophyll A isomer × 2 ;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ; × 2 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CALCIUM ION × 2 Chlorophyll A ester × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BCPA_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 F； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 G； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366

P840 reaction center 17 kDa protein

物种未注明

UniProt Q8KEP5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteriochlorophyll a protein × 3 （Q46393） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 48 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 Bacteriochlorophyll A isomer × 2 ;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ; × 2 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CALCIUM ION × 2 Chlorophyll A ester × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSCD_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–143； UniProt 1–143

Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

物种未注明

UniProt Q8KAY1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteriochlorophyll a protein × 3 （Q46393） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 48 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 Bacteriochlorophyll A isomer × 2 ;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ; × 2 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CALCIUM ION × 2 Chlorophyll A ester × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KAY1_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231

Photosystem P840 reaction center, large subunit

物种未注明

UniProt Q8KAY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteriochlorophyll a protein × 3 （Q46393） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 48 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 Bacteriochlorophyll A isomer × 2 ;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ; × 2 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CALCIUM ION × 2 Chlorophyll A ester × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KAY0_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731 作者链 a； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6m32
沉积日期 deposition_date	2020-03-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria
关键词 keywords	Photosynthetic reaction center, Green sulfur bacteria, Energy transfer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6m32__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6m32__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6m32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.76 Å
Rg（电子密度）	50.76 Å
总 Rg	50.70 Å
原子数	23428
残基数	2523
排除体积	428460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6m32__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll a protein
分子量 formula_weight	40343.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G
原子数 atom_count	23566

MALFGSNDVTTAHSDYEIVLEGGSSSWGKVKARAKVNAPPASPLLPADCDVKLNVKPLDPAKGFVRISAVFESIVDSTKNKLTIEADIANETKERRISVGEGMVSVGDFSHTFSFEGSVVNLFYYRSDAVRRNVPNPIYMQGRQFHDILMKVPLDNNDLIDTWEGTVKAIGSTGAFNDWIRDFWFIGPAFTALNEGGQRISRIEVNGLNTESGPKGPVGVSRWRFSHGGSGMVDSISRWAELFPSDKLNRPAQVEAGFRSDSQGIEVKVDGEFPGVSVDAGGGLRRILNHPLIPLVHHGMVGKFNNFNVDAQLKVVLPKGYKIRYAAPQYRSQNLEEYRWSGGAYARWVEHVCKGGVGQFEILYAQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	P840 reaction center 17 kDa protein
分子量 formula_weight	16633.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQPQLSRPQTASNQVRKAVSGPWSGNAVHKAEKYFITSAKRDRDGKLQIELVPASGRRKLSPTPEMIRRLIDGEIEIYILTTQPDIAIDMNKEIIDMENRYVIDFDKRGVKWTMREIPVFYHEGKGLCVELHNKIYTLDQFFK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	23540.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAEPVENKNQAPAPGAKVPPKGAPAAPKAGAPAAPKGPVAPKAGAPAAKTGASAAKQAGKPRLASLGVTLGRSGVRQESALPYVKPKAVPPPKPAAPAAKGAPAPKGAPAAPAAKAAPGAPVAKAAPKAKKHYFIIENLCVGCGLCLDKCPPKVNAIGYKFYGDVQEGGFRCYIDQAACISCSACFSGDECPSGALIEVLPDGEVLDFSYTPPERLDFDLRFLHRFHREAR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center, large subunit
分子量 formula_weight	81784.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a

MAEQVKPAGVKPKGTVPPPKGNAPAPKANGAPGGASVIKEQDAAKMRRFLFQRTETRSTKWYQIFDTEKLDDEQVVGGHLALLGVLGFIMGIYYISGIQVFPWGAPGFHDNWFYLTIKPRMVSLGIDTYSTKTADLEAAGARLLGWAAFHFLVGSVLIFGGWRHWTHNLTNPFTGRCGNFRDFRFLGKFGDVVFNGTSAKSYKEALGPHAVYMSLLFLGWGIVMWAILGFAPIPDFQTINSETFMSFVFAVIFFALGIYWWNNPPNAAIHLNDDMKAAFSVHLTAIGYINIALGCIAFVAFQQPSFAPYYKELDKLVFYLYGEPFNRVSFNFVEQGGKVISGAKEFADFPAYAILPKSGEAFGMARVVTNLIVFNHIICGVLYVFAGVYHGGQYLLKIQLNGMYNQIKSIWITKGRDQEVQVKILGTVMALCFATMLSVYAVIVWNTICELNIFGTNITMSFYWLKPLPIFQWMFADPSINDWVMAHVITAGSLFSLIALVRIAFFAHTSPLWDDLGLKKNSYSFPCLGPVYGGTCGVSIQDQLWFAMLWGIKGLSAVCWYIDGAWIASMMYGVPAADAKAWDSIAHLHHHYTSGIFYYFWTETVTIFSSSHLSTILMIGHLVWFISFAVWFEDRGSRLEGADIQTRTIRWLGKKFLNRDVNFRFPVLTISDSKLAGTFLYFGGTFMLVFLFLANGFYQTNSPLPPPVSHAAVSGQQMLAQLVDTLMKMIA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll A isomer
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ;
分子量 formula_weight	532.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ;
分子量 formula_weight	895.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	Chlorophyll A ester
分子量 formula_weight	891.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6m32e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.75 — Bacteriochlorophyll A protein
超家族 Superfamily superfamily	b.75.1 — Bacteriochlorophyll A protein
家族 Family family	b.75.1.1 — Bacteriochlorophyll A protein

结构域编号 domain_id	d6m32f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.75 — Bacteriochlorophyll A protein
超家族 Superfamily superfamily	b.75.1 — Bacteriochlorophyll A protein
家族 Family family	b.75.1.1 — Bacteriochlorophyll A protein

结构域编号 domain_id	d6m32g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.75 — Bacteriochlorophyll A protein
超家族 Superfamily superfamily	b.75.1 — Bacteriochlorophyll A protein
家族 Family family	b.75.1.1 — Bacteriochlorophyll A protein

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	268430

Cryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriochlorophyll a protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

P840 reaction center 17 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem P840 reaction center, large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6m32__assembly_1__model_1

6m32__assembly_1__model_1 | I(q)

6m32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)