8gwa

Structure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-reaction center complex from a green sulfur bacterium

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 182.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gwa
沉积日期 deposition_date	2022-09-16
结构标题 title	Structure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-reaction center complex from a green sulfur bacterium
关键词 keywords	Green sulfur bacterium, Reaction center, FMO protein, Energy transfer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.99 Å
零角强度 I(0) i0	3056650000.00
分子量 molecular_weight	527910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	683720 Å³
包络体积 envelope_volume	805030 Å³
水化壳体积 shell_volume	119700 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.0 Å
壳层 Rg shell_rg	59.56 Å
包络 Rg envelope_rg	54.07 Å
形状 Rg shape_rg	54.03 Å
总 Rg total_rg	53.96 Å
总原子数 total_atoms	37384
残基数 n_residues	4063
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3057000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8729
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	853300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.764

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll a protein
分子量 formula_weight	40343.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,2,4,6,5
原子数 atom_count	37660

MALFGSNDVTTAHSDYEIVLEGGSSSWGKVKARAKVNAPPASPLLPADCDVKLNVKPLDPAKGFVRISAVFESIVDSTKNKLTIEADIANETKERRISVGEGMVSVGDFSHTFSFEGSVVNLFYYRSDAVRRNVPNPIYMQGRQFHDILMKVPLDNNDLIDTWEGTVKAIGSTGAFNDWIRDFWFIGPAFTALNEGGQRISRIEVNGLNTESGPKGPVGVSRWRFSHGGSGMVDSISRWAELFPSDKLNRPAQVEAGFRSDSQGIEVKVDGEFPGVSVDAGGGLRRILNHPLIPLVHHGMVGKFNNFNVDAQLKVVLPKGYKIRYAAPQYRSQNLEEYRWSGGAYARWVEHVCKGGVGQFEILYAQ

Entity 2 polymer

描述 description	P840 reaction center 17 kDa protein
分子量 formula_weight	16633.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQPQLSRPQTASNQVRKAVSGPWSGNAVHKAEKYFITSAKRDRDGKLQIELVPASGRRKLSPTPEMIRRLIDGEIEIYILTTQPDIAIDMNKEIIDMENRYVIDFDKRGVKWTMREIPVFYHEGKGLCVELHNKIYTLDQFFK

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	23383.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAEPVENKNQAPAPGAKVPPKGAPAAPKAGAPAAPKGPVAPKAGAPAAKTGASAAKQAGKPRLASLGVTLGRSGVRQESALPYVKPKAVPPPKPAAPAAKGAPAPKGAPAAPAAKAAPGAPVAKAAPKAKKHYFIIENLCVGCGLCLDKCPPKVNAIGYKFYGDVQEGGFRCYIDQAACISCSACFSGDECPSGALIEVLPDGEVLDFSYTPPERLDFDLRFLHRFHREA

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center, large subunit
分子量 formula_weight	81784.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a

MAEQVKPAGVKPKGTVPPPKGNAPAPKANGAPGGASVIKEQDAAKMRRFLFQRTETRSTKWYQIFDTEKLDDEQVVGGHLALLGVLGFIMGIYYISGIQVFPWGAPGFHDNWFYLTIKPRMVSLGIDTYSTKTADLEAAGARLLGWAAFHFLVGSVLIFGGWRHWTHNLTNPFTGRCGNFRDFRFLGKFGDVVFNGTSAKSYKEALGPHAVYMSLLFLGWGIVMWAILGFAPIPDFQTINSETFMSFVFAVIFFALGIYWWNNPPNAAIHLNDDMKAAFSVHLTAIGYINIALGCIAFVAFQQPSFAPYYKELDKLVFYLYGEPFNRVSFNFVEQGGKVISGAKEFADFPAYAILPKSGEAFGMARVVTNLIVFNHIICGVLYVFAGVYHGGQYLLKIQLNGMYNQIKSIWITKGRDQEVQVKILGTVMALCFATMLSVYAVIVWNTICELNIFGTNITMSFYWLKPLPIFQWMFADPSINDWVMAHVITAGSLFSLIALVRIAFFAHTSPLWDDLGLKKNSYSFPCLGPVYGGTCGVSIQDQLWFAMLWGIKGLSAVCWYIDGAWIASMMYGVPAADAKAWDSIAHLHHHYTSGIFYYFWTETVTIFSSSHLSTILMIGHLVWFISFAVWFEDRGSRLEGADIQTRTIRWLGKKFLNRDVNFRFPVLTISDSKLAGTFLYFGGTFMLVFLFLANGFYQTNSPLPPPVSHAAVSGQQMLAQLVDTLMKMIA

Entity 5 polymer

描述 description	unkown protein
分子量 formula_weight	4954.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 6 polymer

描述 description	Ric1 protein
分子量 formula_weight	6227.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDIRRLILAFILPPAAVMNKEAGTIMLTGILTLWGWIPGVVAALIMISKEQSGKTAEA

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c
分子量 formula_weight	22741.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MDKNSNGKLIALAVGGAVLMGALFFSVSFLTGYIPAPNHSAILTPLRSFMGWFLLIFCASIIIMGLGKMSSAISDKWFLSFPLSIFVIVMVMFLSLRVYWEKGRTTTVDGKYIRTTAELKEFLNKPAATSDVPPAPAGFDFDAAKKLVDVRCNKCHTLDSVADLFRTKYKKTGQVNLIVKRMQGFPGSGISDDDAKTIGIWLHEKF

Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	73

Entity 9 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll A isomer
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	Chlorophyll A ester
分子量 formula_weight	891.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ;
分子量 formula_weight	895.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	;2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene ;
分子量 formula_weight	532.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	227038

fit	/app/data/saxs_computation/gw/8gwa/8gwa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gw/8gwa/8gwa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gw/8gwa/8gwa.dat

Structure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-reaction center complex from a green sulfur bacterium

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)