6m3q

Crystal structure of AnkB/beta4-spectrin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ankyrin-2

Homo sapiens

UniProt Q01484

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 951–1458 未记录 Spectrin beta chain × 1 (Q8VIE5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;289 K;25% w/v pentaerythritol propoxylate 629 (17/8 PO/OH), 50 mM magnesium chloride and 0.1 M HEPES, pH 7.5 分辨率 3.44 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ANK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–475; UniProt 951–1458

Spectrin beta chain

Mus musculus

UniProt Q8VIE5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1616–1937 未记录 Ankyrin-2 × 1 (Q01484) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;289 K;25% w/v pentaerythritol propoxylate 629 (17/8 PO/OH), 50 mM magnesium chloride and 0.1 M HEPES, pH 7.5 分辨率 3.44 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8VIE5_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–322; UniProt 1616–1937

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m3q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m3q
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m3q
沉积日期 deposition_date2020-03-04
结构标题 titleCrystal structure of AnkB/beta4-spectrin complex
关键词 keywordsPROTEIN BINDING, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.24
零角强度 I(0) i095031400.00
分子量 molecular_weight77313.0 kDa
排除体积 excluded_volume96549 ų
包络体积 envelope_volume135900 ų
水化壳体积 shell_volume33834 ų
包络直径 envelope_diameter147.2
壳层 Rg shell_rg38.30
包络 Rg envelope_rg37.97
形状 Rg shape_rg37.30
总 Rg total_rg37.13
总原子数 total_atoms5445
残基数 n_residues754
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.5
Rg (实空间) rg_real37.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34
I(0) (实空间) i0_real9.5030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95010000.0000
解质量估计 total_estimate0.8161
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.2
偏度 Skewness skewness0.540
峰度 Kurtosis kurtosis-0.090
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7954000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.578; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6m3qE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id6m3qE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id6m3qE03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2660
结构域编号 domain_id6m3qF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)