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6m8p

Human ERAP1 bound to phosphinic pseudotripeptide inhibitor DG013

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1

Homo sapiens

UniProt Q9NZ08

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
10 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
11 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 16 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
12 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
13 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
14 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
15 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
16 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
17 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
18 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
19 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
2 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
20 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
21 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
22 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
3 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
4 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
5 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
6 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
7 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
8 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致
9 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 1 Nalpha-[(2S)-2-{[[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}-4-methylpentanoyl]-L-tryptophanamide × 1 SULFATE ION × 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3qnf 3qnf 3rjo 5j5e 6t6r 9gjn 9gjn 9gjs 9gk6 9gke 9td3 9td4

共 15 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
7mwb 7mwb 7mwc 7mwc

共 4 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2yd0 3mdj 3mdj 3mdj 3qnf 6m8p 6m8p 6m8p 6m8p 6m8p 6m8p 6m8p

共 34 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERAP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 B； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 C； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 D； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 E； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 F； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 G； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 H； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 I； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 J； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 K； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 L； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 M； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 N； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 O； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 P； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 Q； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 R； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 S； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 T； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 U； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940 作者链 V； PDB构建体 1–899； UniProt 33–940

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m8p
沉积日期 deposition_date2018-08-22
结构标题 titleHuman ERAP1 bound to phosphinic pseudotripeptide inhibitor DG013
关键词 keywordsInhibitor, Aminopeptidase, Antigen processing, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6m8p__assembly_13__model_1

Assembly 13 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6m8p__assembly_13__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6m8p__assembly_13__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）29.30 Å
Rg（电子密度）28.31 Å
总 Rg29.18 Å
原子数7072
残基数861
排除体积126210 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6m8p__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6m8p__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 6m8p__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 6m8p__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 6m8p__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 6m8p__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 6m8p__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 6m8p__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 6m8p__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 6m8p__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 6m8p__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 6m8p__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 6m8p__assembly_13__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 6m8p__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 6m8p__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 6m8p__assembly_16__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
17 1 6m8p__assembly_17__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
18 1 6m8p__assembly_18__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
19 1 6m8p__assembly_19__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
20 1 6m8p__assembly_20__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
21 1 6m8p__assembly_21__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
22 1 6m8p__assembly_22__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 引用文献 (1)