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ERAP1 in complex with 1-[2-(6-chloro-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazin-4-yl)acetamido]cyclohexane-1-carboxylic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gk6
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	ERAP1 in complex with 1-[2-(6-chloro-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazin-4-yl)acetamido]cyclohexane-1-carboxylic acid
关键词 keywords	ERAP1, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.90 Å
零角强度 I(0) i0	290252000.00
分子量 molecular_weight	92409.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90086 Å³
包络体积 envelope_volume	145740 Å³
水化壳体积 shell_volume	42109 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.54 Å
包络 Rg envelope_rg	28.04 Å
形状 Rg shape_rg	27.93 Å
总 Rg total_rg	28.42 Å
总原子数 total_atoms	7003
残基数 n_residues	854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	290300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8801
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.285
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.290
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	78990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
分子量 formula_weight	105371.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8388

MVFLPLKWSLATMSFLLSSLLALLTVSTPSWCQSTEASPKRSDGTPFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHAQLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRATLRKGAGERLSEEPLQVLEHPRQEQIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGQLSETFHGFYKSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRREPRHLAISNMPLVKSVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYALDAAVTLLEFYEDYFSIPYPLPKQDLAAIPDFQSGAMENWGLTTYRESALLFDAEKSSASSKLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWWNDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGKCFDAMEVDALQSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLREYLSADAFKSGIVQYLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIGSGGVDVKTMMNTWTLQRGFPLITITVRGRNVHMKQEHYMKGSDGAPDTGYLWHVPLTFITSKSDMVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSNDRASLINNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEVETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDEGSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWKESNGQLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKSQIEFALCRTQNKEKLQWLLDESFKGDKIKTQEFPQILTLIGRNPVGYPLAWQFLRKNWNKLVQKFELGSSSIAHMVMGTTNQFSTRTRLEEVKGFFSSLKENGSQLRCVQQTIETIEENIGWMDKNFDKIRVWLQSEKLERMENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-[2-(6-chloranyl-3-oxidanylidene-1,4-benzothiazin-4-yl)ethanoylamino]cyclohexane-1-carboxylic acid
分子量 formula_weight	382.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1230

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.728 Å
晶胞边长 b length_b	140.610 Å
晶胞边长 c length_c	57.542 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.327 Å
最低分辨率 resolution_low	57.540 Å
R 因子 r_factor	0.1729
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.1898

fit	/app/data/saxs_computation/gk/9gk6/9gk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/9gk6/9gk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/9gk6/9gk6.dat