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6n8s

Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). aPKC phosphorylated, crystal form 3.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

Homo sapiens

UniProt Q6P1M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 13–978 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；1.4 M ammonium sulfate, 100 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 1.07% 1,6-hexanediol 分辨率 3.90 Å R-free 0.298
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 13–978 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；1.4 M ammonium sulfate, 100 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 1.07% 1,6-hexanediol 分辨率 3.90 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N8S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3WP0 Crystal structure of Dlg GK in complex with a phosphor-Lgl2 peptide 提交 2014-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 640–654（15 aa） 片段：UNP residues 640-654
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；0.2M lithium chloride, 20% PEG3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.04 Å R-free 0.202
3WP1 Phosphorylation-dependent interaction between tumor suppressors Dlg and Lgl 提交 2014-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 646–657（12 aa） 片段：UNP residues 646-657
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.268
6N8P Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). Unphosphorylated, crystal form 1. 提交 2018-11-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；19.8 % PEG 3350, 0.29 M Na2SO4, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 3% methanol
分辨率 3.19 Å R-free 0.250
6N8Q Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). Unphosphorylated, crystal form 2. 提交 2018-11-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295.15 K；18-21 % PEG 2000 MME, 80-100 mM SPG pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.226
6N8R Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). aPKC phosphorylated, crystal form 2. 提交 2018-11-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；25% PEG 1500, 100 mM SPG pH 8.0
分辨率 1.91 Å R-free 0.219
8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 641–660（20 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition: 25% (v/v) MPD, 25% (v/v) PEG 1000, 25% (v/v) PEG 3350, 0.3 M NaNO3, 0.3 M Na2HPO4, 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
分辨率 2.59 Å R-free 0.269
8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 641–660（20 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition: 25% (v/v) MPD, 25% (v/v) PEG 1000, 25% (v/v) PEG 3350, 0.3 M NaNO3, 0.3 M Na2HPO4, 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
分辨率 2.59 Å R-free 0.269
9EJK Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6b complex in nucleotide-free form. Head sub-complex region subtracted 提交 2024-11-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
9EJL Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in nucleotide-free form. Conformation with visible head sub-complex. 提交 2024-11-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9EJM Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in its ADP-bound form 提交 2024-11-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 13–978（966 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 L2GL2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–967； UniProt 13–978 作者链 D； PDB构建体 2–967； UniProt 13–978

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6n8s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6n8s
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6n8s
沉积日期 deposition_date2018-11-30
结构标题 titleCrystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). aPKC phosphorylated, crystal form 3.
关键词 keywordsLgl, Polarity, beta propeller, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.33 Å
零角强度 I(0) i0475803000.00
分子量 molecular_weight181570.0 kDa
排除体积 excluded_volume228230 ų
包络体积 envelope_volume303600 ų
水化壳体积 shell_volume61510 ų
包络直径 envelope_diameter150.6 Å
壳层 Rg shell_rg46.28 Å
包络 Rg envelope_rg41.23 Å
形状 Rg shape_rg41.35 Å
总 Rg total_rg41.50 Å
总原子数 total_atoms12829
残基数 n_residues1664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.4 Å
Rg (实空间) rg_real41.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal475800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8081
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.1 Å
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.286
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha311900000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6n8sA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6n8sD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)