6ne0

Structure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） CRISPR RNA (60-MER) × 1 CRISPR target DNA (44-MER) × 1 Non-complementary R-loop DNA strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY1_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

CRISPR-associated protein Csy2

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14

UniProt Q02MM0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） CRISPR RNA (60-MER) × 1 CRISPR target DNA (44-MER) × 1 Non-complementary R-loop DNA strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY2_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

CRISPR-associated protein Csy3

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14

UniProt Q02MM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） CRISPR RNA (60-MER) × 1 CRISPR target DNA (44-MER) × 1 Non-complementary R-loop DNA strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY3_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 D； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 E； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 F； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 G； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 H； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14

UniProt Q02MM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） CRISPR RNA (60-MER) × 1 CRISPR target DNA (44-MER) × 1 Non-complementary R-loop DNA strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS6_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 3–189； UniProt 1–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ne0
沉积日期 deposition_date	2018-12-15
结构标题 title	Structure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
关键词 keywords	type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex, viral protein mimic, Csy-complex, IMMUNE SYSTEM-RNA complex; IMMUNE SYSTEM/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ne0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ne0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ne0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.42 Å
Rg（电子密度）	54.01 Å
总 Rg	54.10 Å
原子数	24044
残基数	2979
排除体积	415370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ne0__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy1
分子量 formula_weight	49194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24044

MTSPLPTPTWQELRQFIESFIQERLQGKLDKLQPDEDDKRQTLLATHRREAWLADAARRVGQLQLVTHTLKPIHPDARGSNLHSLPQAPGQPGLAGSHELGDRLVSDVVGNAAALDVFKFLSLQYQGKNLLNWLTEDSAEALQALSDNAEQAREWRQAFIGITTVKGAPASHSLAKQLYFPLPGSGYHLLAPLFPTSLVHHVHALLREARFGDAAKAAREARSRQESWPHGFSEYPNLAIQKFGGTKPQNISQLNNERRGENWLLPSLPPNWQRQNVNAPMRHSSVFEHDFGRTPEVSRLTRTLQRFLAKTVHNNLAIRQRRAQLVAQICDEALQYAARLRELEPGWSATPGCQLHDAEQLWLDPLRAQTDETFLQRRLRGDWPAEVGNRFANWLNRAVSSDSQILGSPEAAQWSQELSKELTMFKEILEDERD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy2
分子量 formula_weight	36244.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSVTDPEALLLLPRLSIQNANAISSPLTWGFPSPGAFTGFVHALQRRVGISLDIELDGVGIVCHRFEAQISQPAGKRTKVFNLTRNPLNRDGSTAAIVEEGRAHLEVSLLLGVHGDGLDDHPAQEIARQVQEQAGAMRLAGGSILPWCNERFPAPNAELLMLGGSDEQRRKNQRRLTRRLLPGFALVSREALLQQHLETLRTTLPEATTLDALLDLCRINFEPPATSSEEEASPPDAAWQVRDKPGWLVPIPAGYNALSPLYLPGEVRNARDRETPLRFVENLFGLGEWLSPHRVAALSDLLWYHHAEPDKGLYRWSTPRFVEHAIA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	37579.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H

MSKPILSTASVLAFERKLDPSDALMSAGAWAQRDASQEWPAVTVREKSVRGTISNRLKTKDRDPAKLDASIQSPNLQTVDVANLPSDADTLKVRFTLRVLGGAGTPSACNDAAYRDKLLQTVATYVNDQGFAELARRYAHNLANARFLWRNRVGAEAVEVRINHIRQGEVARAWRFDALAIGLRDFKADAELDALAELIASGLSGSGHVLLEVVAFARIGDGQEVFPSQELILDKGDKKGQKSKTLYSVRDAAAIHSQKIGNALRTIDTWYPDEDGLGPIAVEPYGSVTSQGKAYRQPKQKLDFYTLLDNWVLRDEAPAVEQQHYVIANLIRGGVFGEAEEK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子量 formula_weight	21675.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

FTMDHYLDIRLRPDPEFPPAQLMSVLFGKLHQALVAQGGDRIGVSFPDLDESRSRLGERLRIHASADDLRALLARPWLEGLRDHLQFGEPAVVPHPTPYRQVSRVQAKSNPERLRRRLMRRHDLSEEEARKRIPDTVARALDLPFVTLRSQSTGQHFRLFIRHGPLQVTAEEGGFTCYGLSKGGFVPWF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR RNA (60-MER)
分子量 formula_weight	19265.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CUAAGAAAUUCACGGCGGGCUUGAUGUCCGCGUCUACCUGGUUCACUGCCGUGUAGGCAG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR target DNA (44-MER)
分子量 formula_weight	13584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CAGGTAGACGCGGACATCAAGCCCGCCGTGAAGGTGCAGCTTCT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Non-complementary R-loop DNA strand
分子量 formula_weight	10476.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

AGAAGCTGCACCTTCACGGCGGGCTTGATGTCCG

▶

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	291227

Structure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csy2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csy3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ne0__assembly_1__model_1

6ne0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ne0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)