6ne5

Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors that Demonstrate in vivo Activity in Mouse Xenograft Models of Human Cancer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 172–328 未记录 KJP 3-[(4R)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-methyl-1H-indole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;291 K;PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris6.5 分辨率 1.85 Å R-free 0.207
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 172–328 未记录 KJP 3-[(4R)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-methyl-1H-indole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;291 K;PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris6.5 分辨率 1.85 Å R-free 0.207
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 172–328 未记录 KJP 3-[(4R)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-methyl-1H-indole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;291 K;PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris6.5 分辨率 1.85 Å R-free 0.207
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 172–328 未记录 KJP 3-[(4R)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-methyl-1H-indole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;291 K;PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris6.5 分辨率 1.85 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、282 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–159; UniProt 172–328 作者链 B; PDB构建体 3–159; UniProt 172–328 作者链 C; PDB构建体 3–159; UniProt 172–328 作者链 D; PDB构建体 3–159; UniProt 172–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ne5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ne5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ne5
沉积日期 deposition_date2018-12-17
结构标题 titleDiscovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors that Demonstrate in vivo Activity in Mouse Xenograft Models of Human Cancer
关键词 keywordsstructure based drug discovery; apoptosis; cancer; Mcl-1; drug discovery, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.63
零角强度 I(0) i080717800.00
分子量 molecular_weight70432.0 kDa
排除体积 excluded_volume88169 ų
包络体积 envelope_volume111510 ų
水化壳体积 shell_volume32599 ų
包络直径 envelope_diameter96.2
壳层 Rg shell_rg35.54
包络 Rg envelope_rg28.33
形状 Rg shape_rg28.63
总 Rg total_rg29.31
总原子数 total_atoms4963
残基数 n_residues600
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.7
Rg (实空间) rg_real29.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real8.0720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal80720000.0000
解质量估计 total_estimate0.9095
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.0
偏度 Skewness skewness0.150
峰度 Kurtosis kurtosis-0.585
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45370000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6ne5a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd6ne5b_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd6ne5c_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd6ne5d_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6ne5A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id6ne5B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id6ne5C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id6ne5D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)