6nl7

Crystal structure of B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 303–357 突变:T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;80 mM acetic acid pH 3.6, 20 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 200 mM NaCl and 20 mM zinc sulfate 分辨率 1.40 Å R-free 0.158
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 303–357 突变:T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;80 mM acetic acid pH 3.6, 20 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 200 mM NaCl and 20 mM zinc sulfate 分辨率 1.40 Å R-free 0.158
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 303–357 突变:T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;80 mM acetic acid pH 3.6, 20 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 200 mM NaCl and 20 mM zinc sulfate 分辨率 1.40 Å R-free 0.158
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 303–357 突变:T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;80 mM acetic acid pH 3.6, 20 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 200 mM NaCl and 20 mM zinc sulfate 分辨率 1.40 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、113 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 B; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 C; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 D; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nl7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nl7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nl7
沉积日期 deposition_date2019-01-08
结构标题 titleCrystal structure of B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (T16F, T18A, V21H, T25H, K28Y, V29I, K31R, Q32A, Y33L, N35K, D36A, N37Q)
关键词 keywordsMetal-mediated complex, B1 Domain of Streptococcal protein G, Immunoglobulin binding protein, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.63
零角强度 I(0) i012931100.00
分子量 molecular_weight26173.0 kDa
排除体积 excluded_volume32302 ų
包络体积 envelope_volume40893 ų
水化壳体积 shell_volume16372 ų
包络直径 envelope_diameter80.3
壳层 Rg shell_rg27.98
包络 Rg envelope_rg23.92
形状 Rg shape_rg23.60
总 Rg total_rg24.35
总原子数 total_atoms1824
残基数 n_residues224
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.1
Rg (实空间) rg_real23.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real1.2930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12930000.0000
解质量估计 total_estimate0.8029
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3
偏度 Skewness skewness0.581
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1980000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.672; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.498; Smooth: 0.920

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6nl7A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nl7B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nl7C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nl7D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)