SAXSdb — 6ntt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor A

Glycine max

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–216	未记录	21D naphthalene-1,5-disulfonic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Lyophilized protein dissolved in water to 25 mg/ml. Sitting drop vapor diffusion against reservoirs of 25% PEG 3350 with 0.10 M MES buffer ph 6.5. 3 ul drops composed of equal amounts of protein stock solution and reservoir supplemented with 0.10 M 1,5-Disulfonyl Naphthalene. Crystallization time about 2 weeks.	分辨率 2.40 Å R-free 0.306
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–216	未记录	21D naphthalene-1,5-disulfonic acid × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Lyophilized protein dissolved in water to 25 mg/ml. Sitting drop vapor diffusion against reservoirs of 25% PEG 3350 with 0.10 M MES buffer ph 6.5. 3 ul drops composed of equal amounts of protein stock solution and reservoir supplemented with 0.10 M 1,5-Disulfonyl Naphthalene. Crystallization time about 2 weeks.	分辨率 2.40 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NTT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVU TRYPSIN INHIBITOR FROM SOYBEAN (STI) 提交 1997-09-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–205（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
1AVW COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–201（177 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1AVX COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–201（177 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.280
1BA7 SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–205（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
1BA7 SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–205（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6O1F Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab 提交 2019-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 25–216（192 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；5% PEG 4000 0.1M lithium sulfate 0.1M Tris pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.233

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITRA_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 B； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ntt
沉积日期 deposition_date	2019-01-30
结构标题 title	X-ray Crystal Structure of Soybean Trypsin Inhibitor (Kunitz) Complexed with 1,5-Disulfonyl Naphthalene
关键词 keywords	silver bullets, ligands, symmetry, oligomer, crystallization, buffer, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.04 Å
零角强度 I(0) i0	28851400.00
分子量 molecular_weight	40327.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50155 Å³
包络体积 envelope_volume	65358 Å³
水化壳体积 shell_volume	23261 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	30.33 Å
包络 Rg envelope_rg	24.49 Å
形状 Rg shape_rg	24.05 Å
总 Rg total_rg	24.80 Å
总原子数 total_atoms	2828
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7631
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.487
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.826; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trypsin inhibitor A
分子量 formula_weight	24031.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3130

MKSTIFFLFLFCAFTTSYLPSAIADFVLDNEGNPLENGGTYYILSDITAFGGIRAAPTGNERCPLTVVQSRNELDKGIGTIISSPYRIRFIAEGHPLSLKFDSFAVIMLCVGIPTEWSVVEDLPEGPAVKIGENKDAMDGWFRLERVSDDEFNNYKLVFCPQQAEDDKCGDIGISIDHDDGTRRLVVSKNKPLVVQFQKLDKESLAKKNHGLSRSE

来源 Source

来源生物 organism	Glycine max
通用名 common_name	Soybean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3847
宿主生物 host_organism	Glycine max

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	naphthalene-1,5-disulfonic acid
分子量 formula_weight	288.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6nttA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6nttB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.880 Å
晶胞边长 b length_b	64.680 Å
晶胞边长 c length_c	69.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	32.610 Å
R 因子 r_factor	0.2138
R_work r_work	0.2092
R_free r_free	0.3059

fit	/app/data/saxs_computation/nt/6ntt/6ntt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/6ntt/6ntt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/6ntt/6ntt.dat

X-ray Crystal Structure of Soybean Trypsin Inhibitor (Kunitz) Complexed with 1,5-Disulfonyl Naphthalene

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction