SAXSdb — 6o4m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-Melittin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 44–69 链 D； UniProt 44–69	片段：residues 44-69 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH = 6.5, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.27 Å R-free 0.235
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 44–69 链 B； UniProt 44–69	片段：residues 44-69 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH = 6.5, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.27 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6O4M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BH1 STRUCTURAL STUDIES OF D-PRO MELITTIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）	突变：PRO 14 REPLACED WITH D-PRO 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2mM；压力 1 NMR样品组成 METHANOL	分辨率未提供
2MLT MELITTIN 提交 1990-10-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 44–69（26 aa）链 B 44–69（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2MW6 Structure of the bee venom toxin melittin with [(C5H5)Ru]+ fragment attached to the tryptophan residue 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3UQ [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,4a,8a-eta)-naphthalene]ruthenium(1+) × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 1 NMR样品组成 6 mM Ru-melittin-1, CD3OH \| CD3OH	分辨率未提供
3QRX Chlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin 提交 2011-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341
3QRX Chlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin 提交 2011-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.341
6DST Recombinant melittin 提交 2018-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–69（26 aa）片段：residues 44-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.05 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] melittin, 10 % v/v [U-2H] glycerol, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water NMR样品组成 0.050 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Melittin, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
8AHS Crystal structure of human Ca2+/Calmodulin in complex with melittin 提交 2022-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 44–69（26 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；0.2M NaCl, 22w/v% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.4	分辨率 2.48 Å R-free 0.270
8AHT Crystal structure of Plasmodium falciparum Ca2+/Calmodulin in complex with melittin 提交 2022-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dimeric	链 F 44–69（26 aa）链 G 44–69（26 aa）链 H 44–69（26 aa）链 I 44–69（26 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.25M NaCl, 30w/v% PEG3350, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.266

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEL_APIME
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–26； UniProt 44–69 作者链 D； PDB构建体 1–26； UniProt 44–69 作者链 A； PDB构建体 1–26； UniProt 44–69 作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 44–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6o4m
沉积日期 deposition_date	2019-02-28
结构标题 title	Racemic melittin
关键词 keywords	racemic, cytotoxic, antimicrobial, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.21 Å
零角强度 I(0) i0	3059380.00
分子量 molecular_weight	12311.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15679 Å³
包络体积 envelope_volume	20194 Å³
水化壳体积 shell_volume	11285 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.94 Å
包络 Rg envelope_rg	16.40 Å
形状 Rg shape_rg	16.07 Å
总 Rg total_rg	17.63 Å
总原子数 total_atoms	1781
残基数 n_residues	58
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0590e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5650e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3059000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.145
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	218800.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-Melittin
分子量 formula_weight	2847.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(D)
链编号 strand_id	D,C
原子数 atom_count	2015

GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Melittin
分子量 formula_weight	2850.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	38.380 Å
晶胞边长 b length_b	58.990 Å
晶胞边长 c length_c	44.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.270 Å
最低分辨率 resolution_low	23.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/o4/6o4m/6o4m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o4/6o4m/6o4m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o4/6o4m/6o4m.dat

Racemic melittin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-Melittin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)