6oes

Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 133.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 6 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1040 链 C； UniProt 1–1040	未记录	V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） DNA (35-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTPGPGPAPTPCPTPGPGPCPCPTPG)-3') ; × 2 DNA (34-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPAPCPAPGPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPGPCPAPAPA)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OES	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RMD RAG1 DIMERIZATION DOMAIN 提交 1997-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 265–380（116 aa）片段：ZINC-BINDING DIMERIZATION DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；5-10 % PEG 4K, 100MM HEPES, PH 7.5, 10% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
21WB NZD domain of Mouse RAG1 提交 2025-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 89–223（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3GNA Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 389–464（76 aa）片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
3GNB Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 389–464（76 aa）片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 392–1008（617 aa）片段：UNP Residues 391-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 392–1008（617 aa）片段：UNP Residues 391-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 383-1008	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 383-1008	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 A 265–1039（775 aa）链 C 265–1039（775 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 A 265–1040（776 aa）链 C 265–1040（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 A 384–1008（625 aa）链 C 384–1008（625 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 384–1008（625 aa）链 C 384–1008（625 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 A 384–1008（625 aa）链 C 384–1008（625 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 265–1039（775 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 30 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1040； UniProt 1–1040 作者链 C； PDB构建体 1–1040； UniProt 1–1040

V(D)J recombination-activating protein 2

Mus musculus

UniProt P21784

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 6 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–527 链 D； UniProt 1–527	未记录	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） DNA (35-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTPGPGPAPTPCPTPGPGPCPCPTPG)-3') ; × 2 DNA (34-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPAPCPAPGPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPGPCPAPAPA)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6OES	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JWO A PHD finger motif in the C-terminus of RAG2 modulates recombination activity 提交 2007-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–487（74 aa）片段：PHD finger motif: Residues 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RAG2 PHD domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2V83 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 C 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K.	分辨率 2.40 Å R-free 0.230
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–520（520 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）链 E 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 33 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–527； UniProt 1–527 作者链 D； PDB构建体 1–527； UniProt 1–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6oes
沉积日期 deposition_date	2019-03-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain)
关键词 keywords	V(D)J recombination, DNA Transposition, RAG, SCID, RECOMBINATION, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.16 Å
零角强度 I(0) i0	1070560000.00
分子量 molecular_weight	241370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290130 Å³
包络体积 envelope_volume	389000 Å³
水化壳体积 shell_volume	77470 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.09 Å
包络 Rg envelope_rg	40.04 Å
形状 Rg shape_rg	40.19 Å
总 Rg total_rg	40.42 Å
总原子数 total_atoms	16782
残基数 n_residues	1912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1071000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8747
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	171000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.924

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 1
分子量 formula_weight	119388.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16829

MAASLPSTLSFSSAPDEIQHPQIKFSEWKFKLFRVRSFEKAPEEAQKEKDSSEGKPYLEQSPVVPEKPGGQNSILTQRALKLHPKFSKKFHADGKSSDKAVHQARLRHFCRICGNRFKSDGHSRRYPVHGPVDAKTQSLFRKKEKRVTSWPDLIARIFRIDVKADVDSIHPTEFCHDCWSIMHRKFSSSHSQVYFPRKVTVEWHPHTPSCDICFTAHRGLKRKRHQPNVQLSKKLKTVLNHARRDRRKRTQARVSSKEVLKKISNCSKIHLSTKLLAVDFPAHFVKSISCQICEHILADPVETSCKHLFCRICILRCLKVMGSYCPSCRYPCFPTDLESPVKSFLNILNSLMVKCPAQDCNEEVSLEKYNHHVSSHKESKETLVHINKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRELKIQVKEFADKEEGGDVKAVCLTLFLLALRARNEHRQADELEAIMQGRGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIFQPLHALRNAEKVLLPGYHPFEWQPPLKNVSSRTDVGIIDGLSGLASSVDEYPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLDDYLNGPFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTVMRITIEHGSQNVKVFEEPKPNSELCCKPLCLMLADESDHETLTAILSPLIAEREAMKSSELTLEMGGIPRTFKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDTTRLEASQNLVFHSITRSHAENLQRYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCDIGNAAEFYKIFQLEIGEVYKHPNASKEERKRWQATLDKHLRKRMNLKPIMRMNGNFARKLMTQETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSCPAKECPESLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEIIERDGSIGAWASEGNQSGNKLFRRFRKMNARQSKCYEMEDVLKHHWLYTSKYLQKFMNAHNALKSSGFTMNSKETLGDPLGIEDSLESQDSMEF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 2
分子量 formula_weight	59138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSLQMVTVGHNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHFDIKQNHLKLKPAIFSKDSCYLPPLRYPATCSYKGSIDSDKHQYIIHGGKTPNNELSDKIYIMSVACKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEPRYGHSIDVVYSRGKSMGVLFGGRSYMPSTQRTTEKWNSVADCLPHVFLIDFEFGCATSYILPELQDGLSFHVSIARNDTVYILGGHSLASNIRPANLYRIRVDLPLGTPAVNCTVLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMVCSLVSLGDNTIEISEMETPDWTSDIKHSKIWFGSNMGNGTIFLGIPGDNKQAMSEAFYFYTLRCSEEDLSEDQKIVSNSQTSTEDPGDSTPFEDSEEFCFSAEATSFDGDDEFDTYNEDDEDDESVTGYWITCCPTCDVDINTWVPFYSTELNKPAMIYCSHGDGHWVHAQCMDLEERTLIHLSEGSNKYYCNEHVQIARALQTPKRNPPLQKPPMKSLHKKGSGKVLTPAKKSFLRRLFD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (35-MER)
分子量 formula_weight	15521.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CGGGTTTTTGTTAAGGGCTGTATCACTGTGCGGCGCAGGCCAGATCCAGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPGPGPAPTPCPTPGPGPCPCPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4577.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,I

CCTGGATCTGGCCTG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (34-MER)
分子量 formula_weight	18762.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CGGGTTTTTGTCTGGCTTCACACTTGATTTGCATCACTGTGCGCCGCAGGCCAGATCCAGG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPAPCPAPGPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	9138.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CACAGTGATACAGCCCTTAACAAAAACCCG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPCPAPGPTPGPAPTPGPCPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	12655.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CACAGTGATGCAAATCAAGTGTGAAGCCAGACAAAAACCCG

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	283634

fit	/app/data/saxs_computation/oe/6oes/6oes.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/6oes/6oes.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/6oes/6oes.dat

Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V(D)J recombination-activating protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)