6okf

Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–406 链 B; UniProt 1–406 未记录 Acyl carrier protein × 2 (P0A6A8) NA SODIUM ION × 2 MRJ N-[2-(dodecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;281 K;26% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate 分辨率 2.50 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FABB_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–406; UniProt 1–406 作者链 B; PDB构建体 1–406; UniProt 1–406

Acyl carrier protein

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A6A8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–78 链 D; UniProt 1–78 未记录 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 × 2 (P0A953) NA SODIUM ION × 2 MRJ N-[2-(dodecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;281 K;26% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate 分辨率 2.50 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACP_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–78; UniProt 1–78 作者链 D; PDB构建体 1–78; UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6okf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6okf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6okf
沉积日期 deposition_date2019-04-12
结构标题 titleCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
关键词 keywordsThiolase fold, fatty acid synthase, ketosynthase, beta-Ketoacyl-ACP Synthase, KS, AcpP, TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN complex; TRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.83
零角强度 I(0) i0175011000.00
分子量 molecular_weight102490.0 kDa
排除体积 excluded_volume127140 ų
包络体积 envelope_volume149360 ų
水化壳体积 shell_volume42605 ų
包络直径 envelope_diameter91.6
壳层 Rg shell_rg36.97
包络 Rg envelope_rg28.39
形状 Rg shape_rg27.87
总 Rg total_rg28.49
总原子数 total_atoms7176
残基数 n_residues962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9
Rg (实空间) rg_real28.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real1.7500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal175000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9058
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.1
偏度 Skewness skewness0.180
峰度 Kurtosis kurtosis-0.511
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51380000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.951

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6okfa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.1 — Thiolase-related
结构域编号 domain_idd6okfa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.1 — Thiolase-related
结构域编号 domain_idd6okfb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.1 — Thiolase-related
结构域编号 domain_idd6okfb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.1 — Thiolase-related
结构域编号 domain_idd6okfc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.1 — ACP-like
家族 Family familya.28.1.1 — Acyl-carrier protein (ACP)
结构域编号 domain_idd6okfd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.1 — ACP-like
家族 Family familya.28.1.1 — Acyl-carrier protein (ACP)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6okfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id6okfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id6okfB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id6okfB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)