8sms

Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase, FabB, and cerulenin crosslinker-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sms
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase, FabB, and cerulenin crosslinker-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
关键词 keywords	;Ketosynthase, FabB, AcpP, acyl carrier protein, cerulenin, crosslinker, crosslink, fatty acid biosynthesis, natural product, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.86 Å
零角强度 I(0) i0	177399000.00
分子量 molecular_weight	102860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127470 Å³
包络体积 envelope_volume	149000 Å³
水化壳体积 shell_volume	42551 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.83 Å
包络 Rg envelope_rg	28.37 Å
形状 Rg shape_rg	27.90 Å
总 Rg total_rg	28.51 Å
总原子数 total_atoms	7203
残基数 n_residues	964
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9042
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.948

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
分子量 formula_weight	42596.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7603

VSKRAVITGLGIVSSIGNNQQEVLASLREGRSGITFSQELKDSGMRSHVWGNVKLDTTGLIDRKVVRFMSDASIYAFLSMEQAIADAGLSPEAYQNNPRVGLIAGSGGGSPRFQVFGADAMRGPRGLKAVGPYVVTKAMASGVSACLATPFKIHGVNYSISSACATSAHCIGNAVEQIQLGKQDIVFAGGGEELCWEMACEFDAMGALSTKYNDTPEKASRTYDAHRDGFVIAGGGGMVVVEELEHALARGAHIYAEIVGYGATSDGADMVAPSGEGAVRCMKMAMHGVDTPIDYLNSHGTSTPVGDVKELAAIREVFGDKSPAISATKAMTGHSLGAAGVQEAIYSLLMLEHGFIAPSINIEELDEQAAGLNIVTETTDRELTTVMSNSFGFGGTNATLVMRKLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8514.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

STIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Atlantibacter hermannii NBRC 105704
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1115512
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-{2-[(2R)-2-hydroxy-4-oxododecanamido]ethyl}-beta-alaninamide
分子量 formula_weight	553.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	59.030 Å
晶胞边长 b length_b	100.230 Å
晶胞边长 c length_c	78.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	37.250 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2551

fit	/app/data/saxs_computation/sm/8sms/8sms.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sm/8sms/8sms.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sm/8sms/8sms.dat

Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase, FabB, and cerulenin crosslinker-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)