9mlw

Crosslinked complex of ketosynthase FabB mutant FabBG107M and acyl carrier protein AcpP from E.coli with C8 crosslinker

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mlw
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
最后修订 last_revision	2026-03-18
结构标题 title	Crosslinked complex of ketosynthase FabB mutant FabBG107M and acyl carrier protein AcpP from E.coli with C8 crosslinker
关键词 keywords	;Ketosynthase, Acyl carrier protein, crosslinker, fatty acid biosynthesis, short chain fatty acid, FabB, AcpP, ACP, Protein engineering, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.57 Å
零角强度 I(0) i0	332954000.00
分子量 molecular_weight	95445.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91044 Å³
包络体积 envelope_volume	146750 Å³
水化壳体积 shell_volume	42184 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.69 Å
包络 Rg envelope_rg	28.15 Å
形状 Rg shape_rg	27.60 Å
总 Rg total_rg	28.08 Å
总原子数 total_atoms	7181
残基数 n_residues	961
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	333000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9042
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.196
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.939

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
分子量 formula_weight	42785.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.41
突变 mutation	G107M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7375

VSKRAVITGLGIVSSIGNNQQEVLASLREGRSGITFSQELKDSGMRSHVWGNVKLDTTGLIDRKVVRFMSDASIYAFLSMEQAIADAGLSPEAYQNNPRVGLIAGSGMGSPRFQVFGADAMRGPRGLKAVGPYVVTKAMASGVSACLATPFKIHGVNYSISSACATSAHCIGNAVEQIQLGKQDIVFAGGGEELCWEMACEFDAMGALSTKYNDTPEKASRTYDAHRDGFVIAGGGGMVVVEELEHALARGAHIYAEIVGYGATSDGADMVAPSGEGAVRCMKMAMHGVDTPIDYLNSHGTSTPVGDVKELAAIREVFGDKSPAISATKAMTGHSLGAAGVQEAIYSLLMLEHGFIAPSINIEELDEQAAGLNIVTETTDRELTTVMSNSFGFGGTNATLVMRKLKD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8427.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

TIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide
分子量 formula_weight	467.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.410 Å
晶胞边长 b length_b	98.180 Å
晶胞边长 c length_c	78.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	73.720 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/ml/9mlw/9mlw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ml/9mlw/9mlw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ml/9mlw/9mlw.dat

Crosslinked complex of ketosynthase FabB mutant FabBG107M and acyl carrier protein AcpP from E.coli with C8 crosslinker

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)