SAXSdb — 6owo

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit beta

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–591	未记录	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OWO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OXL CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA 提交 2019-05-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.50 Å
7RW8 AP2 bound to heparin in the closed conformation 提交 2021-08-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.50 Å
7RW9 AP2 bound to heparin in the bowl conformation 提交 2021-08-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWA AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–591（591 aa）链 b 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 4.70 Å
7RWB AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–591（591 aa）链 b 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWC AP2 bound to the APA domain of SGIP and heparin; partial signal subtraction and symmetry expansion 提交 2021-08-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.80 Å
8T1O AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map 提交 2023-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Two applications of sample.	分辨率 3.30 Å
9PWA Closed AP-2 clathrin adaptor complex in solution 提交 2025-08-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.55 Å
9PWB Structure of AP-2 bound to the dileucine motif of CCDC32; combined map 提交 2025-08-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 26–582（557 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.64 Å
9PWC Composite structure of AP-2 bound to the dileucine motif and WxxPhi motif of CCDC32 提交 2025-08-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.00 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2B1_MOUSE
Isoform	Q9DBG3-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–591； UniProt 1–591

AP-2 complex subunit mu

Mus musculus

UniProt P84091

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–435	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OWO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OXL CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA 提交 2019-05-13	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 1–435（435 aa）	突变：E302K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.50 Å
7RW8 AP2 bound to heparin in the closed conformation 提交 2021-08-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.50 Å
7RW9 AP2 bound to heparin in the bowl conformation 提交 2021-08-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWA AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 M 1–435（435 aa）链 m 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 4.70 Å
7RWB AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 1–435（435 aa）链 m 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWC AP2 bound to the APA domain of SGIP and heparin; partial signal subtraction and symmetry expansion 提交 2021-08-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.80 Å
8T1O AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map 提交 2023-06-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Two applications of sample.	分辨率 3.30 Å
9PWA Closed AP-2 clathrin adaptor complex in solution 提交 2025-08-04	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.55 Å
9PWB Structure of AP-2 bound to the dileucine motif of CCDC32; combined map 提交 2025-08-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.64 Å
9PWC Composite structure of AP-2 bound to the dileucine motif and WxxPhi motif of CCDC32 提交 2025-08-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.00 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–435； UniProt 1–435

AP-2 complex subunit sigma

Rattus norvegicus

UniProt P62744

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 S； UniProt 1–142	未记录	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OWO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.88 Å R-free 0.267
6OWT Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex 提交 2019-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 S 1–142（142 aa）	突变：N97C, C99S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6OXL CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA 提交 2019-05-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 S 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.50 Å
9PWB Structure of AP-2 bound to the dileucine motif of CCDC32; combined map 提交 2025-08-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.64 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Adaptin ear-binding coat-associated protein 2

Mus musculus

UniProt Q9D1J1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–266	未记录	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OWO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OXL CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA 提交 2019-05-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NECP2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6owo
沉积日期 deposition_date	2019-05-10
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 CORE BOUND TO NECAP
关键词 keywords	AP2, NECAP2 PROTEIN, CLATHRIN VESICLE, ENDOCYTOSIS, LIPID-BINDING, ADAPTOR, MEMBRANE, TRANSPORT, PHOSPHORYLATION; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.45 Å
零角强度 I(0) i0	573950000.00
分子量 molecular_weight	202900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	256980 Å³
包络体积 envelope_volume	343910 Å³
水化壳体积 shell_volume	70140 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.8 Å
壳层 Rg shell_rg	47.53 Å
包络 Rg envelope_rg	38.58 Å
形状 Rg shape_rg	39.44 Å
总 Rg total_rg	39.91 Å
总原子数 total_atoms	14276
残基数 n_residues	1785
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	574100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9043
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.634
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	112300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.887

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit alpha-2
分子量 formula_weight	69656.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14276

MPAVSKGEGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSNAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAKTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQDVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit beta
分子量 formula_weight	66953.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit mu
分子量 formula_weight	49806.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit sigma
分子量 formula_weight	17038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
分子量 formula_weight	28629.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MEESEYESVLCVKPEVHVYRIPPRATNRGYRASEWQLDQPSWSGRLRITAKGKVAYIKLEDRTSGELFAQAPVDQFPGTAVESVTDSSRYFVIRIEDGNGRRAFIGLGFGDRGDAFDFNVALQDHFKWVKQQCEFAKQAQNPDEGPKLDLGFKDGQTIKINIANMRKKEGAAGTPRARPTSAGGLSLLPPPPGGKSSTVIPPSGEQLSVGGSLVQPAVVSGSGGATELWPQSKPAAAATADIWGDFTKSTGSPSSQSQPGTGWVQF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6owoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6owoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6owoM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6owoM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	6owoM03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	6owoS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ow/6owo/6owo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/6owo/6owo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/6owo/6owo.dat

CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 CORE BOUND TO NECAP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AP-2 complex subunit mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AP-2 complex subunit sigma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Adaptin ear-binding coat-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)