SAXSdb — 6oxl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit beta

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1） Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2B1_MOUSE
Isoform	Q9DBG3-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–591； UniProt 1–591

AP-2 complex subunit mu

Mus musculus

UniProt P84091

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1） Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–435； UniProt 1–435

AP-2 complex subunit sigma

Rattus norvegicus

UniProt P62744

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 × 1 （Q9D1J1） Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Adaptin ear-binding coat-associated protein 2

Mus musculus

UniProt Q9D1J1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 AP-2 complex subunit beta × 1 （Q9DBG3） AP-2 complex subunit mu × 1 （P84091） AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NECP2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6oxl
沉积日期 deposition_date	2019-05-13
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA
关键词 keywords	AP2, NECAP2 PROTEIN, CYTOPLASMIC VESICLE, ENDOCYTOSIS, LIPID-BINDING, ADAPTOR, MEMBRANE, TRANSPORT, PHOSPHORYLATION; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6oxl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6oxl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6oxl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.01 Å
Rg（电子密度）	39.16 Å
总 Rg	39.63 Å
原子数	14413
残基数	1814
排除体积	259450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6oxl__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit alpha-2
分子量 formula_weight	69656.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14413

MPAVSKGEGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSNAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAKTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQDVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit beta
分子量 formula_weight	66953.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit mu
分子量 formula_weight	49806.7 kDa
突变 mutation	E302K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLKVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit sigma
分子量 formula_weight	17038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
分子量 formula_weight	28629.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MEESEYESVLCVKPEVHVYRIPPRATNRGYRASEWQLDQPSWSGRLRITAKGKVAYIKLEDRTSGELFAQAPVDQFPGTAVESVTDSSRYFVIRIEDGNGRRAFIGLGFGDRGDAFDFNVALQDHFKWVKQQCEFAKQAQNPDEGPKLDLGFKDGQTIKINIANMRKKEGAAGTPRARPTSAGGLSLLPPPPGGKSSTVIPPSGEQLSVGGSLVQPAVVSGSGGATELWPQSKPAAAATADIWGDFTKSTGSPSSQSQPGTGWVQF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain
分子量 formula_weight	613.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

XXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	6oxlA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6oxlB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6oxlM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6oxlM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	6oxlM03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	6oxlN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	6oxlS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	324922

CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit sigma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Adaptin ear-binding coat-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6oxl__assembly_1__model_1

6oxl__assembly_1__model_1 | I(q)

6oxl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)