SAXSdb — 6p0t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein Fis

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	DNA (27-MER), FX1-2 × 1 DNA (27-MER), FX1-2 × 1 Excisionase × 1 （P03699）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

Excisionase

Escherichia phage lambda

UniProt P03699

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	DNA-binding protein Fis × 2 （P0A6R3） DNA (27-MER), FX1-2 × 1 DNA (27-MER), FX1-2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VXIS_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6p0t
沉积日期 deposition_date	2019-05-17
结构标题 title	Crystal structure of ternary DNA complex "FX(1-2)-1Xis" containing E. coli Fis and phage lambda Xis
关键词 keywords	Protein-DNA ternary complex, DNA shape, cooperative binding, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6p0t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6p0t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6p0t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.19 Å
Rg（电子密度）	24.05 Å
总 Rg	24.69 Å
原子数	2800
残基数	274
排除体积	46361 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6p0t__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-binding protein Fis
分子量 formula_weight	11252.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	2800

MFEQRVNSDVLTVSTVNSQDQVTQKPLRDSVKQALKNYFAQLNGQDVNDLYELVLAEVEQPLLDMVMQYTRGNQTRAALMMGINRGTLRKKLKKYGMN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (27-MER), FX1-2
分子量 formula_weight	8295.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AATGTTGTGTTTTTAACAGACTACATT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (27-MER), FX1-2
分子量 formula_weight	8291.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AATGTAGTCTGTTAAAAACACAACATT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Excisionase
分子量 formula_weight	6793.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYLTLQEWNARQRRPRSLETVRRWVRESRIFPPPVKDGREYLFHESAVKVDLNRP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6p0tA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	6p0tB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	6p0tE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1660 — Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Excisionase (Xis) protein

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晶胞边长 a length_a	108.190 Å
晶胞边长 b length_b	108.190 Å
晶胞边长 c length_c	152.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.603 Å
最低分辨率 resolution_low	88.255 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1993
R_free r_free	0.2483

Crystal structure of ternary DNA complex "FX(1-2)-1Xis" containing E. coli Fis and phage lambda Xis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein Fis

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Excisionase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p0t__assembly_1__model_1

6p0t__assembly_1__model_1 | I(q)

6p0t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ternary DNA complex "FX(1-2)-1Xis" containing E. coli Fis and phage lambda Xis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein Fis

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Excisionase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p0t__assembly_1__model_1

6p0t__assembly_1__model_1 | I(q)

6p0t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)