6p39

Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1521–1656	未记录	NQY 3-methoxy-4-{[(6aR)-5-methyl-6-oxo-6,6a,7,8,9,10-hexahydro-5H-dipyrido[1,2-a:3',2'-e]pyrazin-2-yl]amino}-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG1000, Tris pH 8.0	分辨率 2.94 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6P39	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EQF CRYSTAL STRUCTURE OF THE DOUBLE BROMODOMAIN MODULE FROM HUMAN TAFII250 提交 2000-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1359–1638（280 aa）片段：DOUBLE BROMODOMAIN, RESIDUES 1359-1638	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；294 K；ammonium sulfate, TrisCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
3AAD Structure of the histone chaperone CIA/ASF1-double bromodomain complex linking histone modifications and site-specific histone eviction 提交 2009-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1342–1629（288 aa）片段：Bromodomain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.65；293 K；0.1M MES, 1.1M AMMONIUM SULFATE, 0.25M LITHIUM SULFATE, pH 5.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.293
3UV4 Crystal Structure of the second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) 提交 2011-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1635（135 aa）片段：unp residues 1501-1635	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.056M NaH2PO4 1.344M K2HPO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å
3UV4 Crystal Structure of the second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) 提交 2011-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1501–1635（135 aa）片段：unp residues 1501-1635	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.056M NaH2PO4 1.344M K2HPO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å
3UV5 Crystal Structure of the tandem bromodomains of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1) 提交 2011-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）片段：unp residues 1373-1635	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 1.1M (NH4)2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.230
4RGW Crystal Structure of a TAF1-TAF7 Complex in Human Transcription Factor IID 提交 2014-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 579–1215（637 aa）片段：DUF3591 domain, UNP residues 579-1215	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 7.4, 20% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.234
4YYM Crystal structure of TAF1 BD2 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1497–1638（142 aa）片段：bromodomain (UNP residues 1497-1638) 链 B 1497–1638（142 aa）片段：bromodomain (UNP residues 1497-1638)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M calcium chloride, 20 w/v PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
4YYN Crystal structure of TAF1 BD2 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1497–1638（142 aa）片段：bromodomain (UNP residues 1497-1638) 链 B 1497–1638（142 aa）片段：bromodomain (UNP residues 1497-1638)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M calcium acetate, 20% w/v PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.243
5FUR Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA 提交 2016-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–1872（1872 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 MM HEPES, 10 MM MGCL2, 50 MM KCL, 3% TREHALOSE 1 MM DTT, 0.0125% NP-40；pH 7.9；10 MM HEPES, 10 MM MGCL2, 50 MM KCL, 3% TREHALOSE 1 MM DTT, 0.0125% NP-40 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.50 Å
5I1Q Second bromodomain of TAF1 bound to a pyrrolopyridone compound 提交 2016-01-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1497–1638（142 aa）片段：second bromodomain (UNP residues 1497-1638)	未记录	67C 3-[6-(but-3-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl]-N,N-dimethylbenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium nitrate, 20% PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
5I29 TAF1(2) bound to a pyrrolopyridone compound 提交 2016-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1497–1638（142 aa）片段：second bromodomain (UNP residues 1497-1638)	未记录	67B N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M calcium chloride, 20% PEG3350	分辨率 1.21 Å R-free 0.216
5MG2 Crystal structure of the second bromodomain of human TAF1 in complex with BAY-299 chemical probe 提交 2016-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1635（135 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 7M8 6-(3-oxidanylpropyl)-2-(1,3,6-trimethyl-2-oxidanylidene-benzimidazol-5-yl)benzo[de]isoquinoline-1,3-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；20%PEG 10K, 0.20 M NaCl, 0.1M citrate/phosphate pH 4.2	分辨率 1.75 Å R-free 0.220
6BQD TAF1-BD2 bromodomain in complex with (E)-3-(6-(but-2-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide 提交 2017-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1630（130 aa）片段：TAF1-BD2 bromodomain	未记录	69G 3-{6-[(2E)-but-2-en-1-yl]-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl}-N,N-dimethylbenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；277 K；8% Tacsimate pH 5.0 and 20% PEG3350	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
6BQD TAF1-BD2 bromodomain in complex with (E)-3-(6-(but-2-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide 提交 2017-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1501–1630（130 aa）片段：TAF1-BD2 bromodomain	未记录	69G 3-{6-[(2E)-but-2-en-1-yl]-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl}-N,N-dimethylbenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；277 K；8% Tacsimate pH 5.0 and 20% PEG3350	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
6FIC Bivalent Inhibitor UNC4512 Bound to the TAF1 Bromodomain Tandem 提交 2018-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1359–1638（280 aa）	未记录	DKH 3-azanyl-2-[3-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[3-azanyl-1-[[2-[[3-methyl-6-[4-methyl-3-(methylsulfonyl-$l^{2}-azanyl)cyclohexa-1,3,5-trien-1-yl]-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl]-$l^{2}-azanyl]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoylamino]-~{N}-[3-[[3-methyl-6-[4-methyl-3-(methylsulfonylamino)phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.2 M NaCl	分辨率 2.18 Å R-free 0.236
6MZD Human TFIID Lobe A canonical 提交 2018-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 21–1893（1873 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；BT 4s; BF 15N	分辨率 9.80 Å
6MZL Human TFIID canonical state 提交 2018-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；BT 4s; BF 15N	分辨率 23.00 Å
6P38 Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain 提交 2019-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1522–1656（135 aa）	未记录	NQV 4-{[(3R)-4-cyclopentyl-1,3-dimethyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-b]pyrazin-6-yl]amino}-N-(1-methylpiperidin-4-yl)-3-[(propan-2-yl)oxy]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 2000, Trimethylamine N-oxide dihydrate, Tris pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.219
6P3A Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain 提交 2019-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1522–1656（135 aa）	未记录	NQP 4-{[(3R)-1-(but-3-en-1-yl)-3-methyl-4-(oxan-4-yl)-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-b]pyrazin-6-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG8000, Tris pH 8.0	分辨率 2.99 Å R-free 0.286
6P3A Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain 提交 2019-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1522–1656（135 aa）	未记录	NQP 4-{[(3R)-1-(but-3-en-1-yl)-3-methyl-4-(oxan-4-yl)-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-b]pyrazin-6-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG8000, Tris pH 8.0	分辨率 2.99 Å R-free 0.286
7EDX p53-bound TFIID-based core PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7EG7 TFIID-based core PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
7EG8 TFIID-based core PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
7EG9 TFIID-based intermediate PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7EGA TFIID-based intermediate PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7EGD SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.75 Å
7EGE TFIID in canonical conformation 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
7EGH TFIID lobe C subcomplex 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
7EGI TFIID in rearranged conformation 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.82 Å
7EGJ SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in post TBP-loading state 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.64 Å
7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric	链 DA 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric	链 DA 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
7JJG Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to ATR kinase inhibitor AZ20 提交 2020-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1522–1656（135 aa）	未记录	VCD 4-{4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-6-[1-(methylsulfonyl)cyclopropyl]pyrimidin-2-yl}-1H-indole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.01 M Co(II) chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 1 M 1,6-Hexanediol	分辨率 1.60 Å R-free 0.195
7JJH Crystal structure of the unliganded tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 提交 2020-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.8 M Succinic Acid, pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
7JSP Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to ATR kinase inhibitor AZD6738 提交 2020-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1522–1656（135 aa）	未记录	VJM 4-(4-{1-[(R)-amino(hydroxy)methyl-lambda~4~-sulfanyl]cyclopropyl}-6-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]pyrimidin-2-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.01 M Co(II) chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 1 M 1,6-Hexanediol	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
7JTC Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to ZS1-322 提交 2020-08-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1522–1656（135 aa）	未记录	VK1 1-{6-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-(methylsulfanyl)pyrimidin-4-yl}cyclopropane-1-sulfonimidoamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.01 M Co(II) chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 1 M 1,6-Hexanediol	分辨率 2.05 Å R-free 0.232
7K03 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1 and BD2) of human TAF1 bound to ATR kinase inhibitor AZD6738 提交 2020-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）片段：Tandem bromodomains, residues 1373-1635	未记录	VJM 4-(4-{1-[(R)-amino(hydroxy)methyl-lambda~4~-sulfanyl]cyclopropyl}-6-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]pyrimidin-2-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, 20% Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.60 Å R-free 0.180
7K0D Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to mTORC1/2 inhibitor AZD3147 提交 2020-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）片段：TANDEM BROMODOMAINS, RESIDUES 1373-1635	未记录	VQS N-(4-{4-[1-(cyclopropylsulfonyl)cyclopropyl]-6-[(3S)-3-methylmorpholin-4-yl]pyrimidin-2-yl}phenyl)-N'-(2-hydroxyethyl)thiourea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate, 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
7K0U Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to PLK1 kinase inhibitor BI2536 提交 2020-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1501–1635（135 aa）链 B 1501–1635（135 aa）	未记录	R78 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 8,000, 8% Ethylene glycol	分辨率 2.52 Å R-free 0.245
7K1P Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to bromosporine 提交 2020-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1635（135 aa）	未记录	BMF Bromosporine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 8,000, 8% Ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.220
7K27 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ATR inhibitor AZ20 提交 2020-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 VCD 4-{4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-6-[1-(methylsulfonyl)cyclopropyl]pyrimidin-2-yl}-1H-indole × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
7K3O Crystal structure of the unliganded second bromodomain (BD2) of human TAF1 提交 2020-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1501–1635（135 aa）链 B 1501–1635（135 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 M Ammonium sulfate, 25% v/v Ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
7K42 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to dioxane 提交 2020-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1501–1635（135 aa）链 B 1501–1635（135 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium acetate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 M Ammonium sulfate, 25% v/v Ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.190
7K6F Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 in complex with MES (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid) 提交 2020-09-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Carboxylic acid (0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.02M Sodium oxamate), 0.1M Buffer system 1 pH 6.5 (Imidazole; MES monohydrate), 30% precipitant mix 3 (20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000)	分辨率 1.86 Å R-free 0.203
7L6X Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to GNE-371 提交 2020-12-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	G9V 6-(but-3-en-1-yl)-4-[1-methyl-6-(morpholine-4-carbonyl)-1H-benzimidazol-4-yl]-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Amino acids, 0.1M Buffer system 1 pH 6.5, 30% v/v precipitant mix 3 (morpheus screen 2-39)	分辨率 2.75 Å R-free 0.250
7LB0 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-295 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	XXV 1-{6-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)pyrimidin-4-yl}cyclopropane-1-sulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.220
7LB1 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-585 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 XWV 5-{4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-6-[1-(S-methylsulfonimidoyl)cyclopropyl]pyrimidin-2-yl}isoquinoline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3350	分辨率 1.35 Å R-free 0.179
7LB2 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-589 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 XWY (3R)-3-methyl-4-{6-[1-(S-methylsulfonimidoyl)cyclopropyl]-2-(naphthalen-1-yl)pyrimidin-4-yl}morpholine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
7LB3 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to ZS1-580 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1635（135 aa）片段：second bromodomain	未记录	XXS 4-{4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-6-[1-(S-methylsulfonimidoyl)cyclopropyl]pyrimidin-2-yl}-1H-indazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
7N42 Crystal structure of the tandem bromodomain of human TAF1 (TAF1-T) bound to ZS1-681 提交 2021-06-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 06M 6-(but-3-en-1-yl)-4-[6-{1-[(R)-S-methanesulfonimidoyl]cyclopropyl}-2-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)pyrimidin-4-yl]-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
7P4S BROMODOMAIN OF HUMAN TAF1 (2) WITH naphthyridinone compound 提交 2021-07-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1635（135 aa）	未记录	5LV 8-[[1-(3-azanylpropyl)piperidin-4-yl]amino]-5-[5-(hydroxymethyl)pyridin-3-yl]-3-methyl-1~{H}-1,7-naphthyridin-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；278 K；30% w/v EDO_P8K, 0.1M Morpheus buffer 2 and 10% morpheus alcohols	分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7T2I Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-588 提交 2021-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 E9F 4-(6-{1-[(R)-S-methanesulfonimidoyl]cyclopropyl}-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]pyrimidin-4-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3,350	分辨率 1.89 Å R-free 0.199
7T36 Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1 and BD2) of human TAF1 bound to ZS1-322 提交 2021-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1635（263 aa）	未记录	EIO (3R)-4-[6-{1-[diamino(hydroxy)-lambda~4~-sulfanyl]cyclopropyl}-2-(methylsulfanyl)pyrimidin-4-yl]-3-methylmorpholine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3,350	分辨率 1.65 Å R-free 0.203
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 DA 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 DA 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å
8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.47 Å
8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.52 Å
8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.07 Å
8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.40 Å
8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.85 Å
8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.29 Å
8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1872（1872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.13 Å

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UniProt名称	TAF1_HUMAN
Isoform	P21675-12
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–138； UniProt 1521–1656

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6p39
沉积日期 deposition_date	2019-05-23
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain
关键词 keywords	kinase, bromodomain, inhibitor, TRANSCRIPTION, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.18 Å
零角强度 I(0) i0	4443160.00
分子量 molecular_weight	15312.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19217 Å³
包络体积 envelope_volume	22101 Å³
水化壳体积 shell_volume	12296 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.31 Å
包络 Rg envelope_rg	16.75 Å
形状 Rg shape_rg	16.19 Å
总 Rg total_rg	17.11 Å
总原子数 total_atoms	1080
残基数 n_residues	128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4430e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8660e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4443000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8197
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.512
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.097
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	959800.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.610; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6p39a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6p39A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.600 Å
晶胞边长 b length_b	96.600 Å
晶胞边长 c length_c	91.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.941 Å
最低分辨率 resolution_low	42.676 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2123

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 1
分子量 formula_weight	15997.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1080

Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	;3-methoxy-4-{[(6aR)-5-methyl-6-oxo-6,6a,7,8,9,10-hexahydro-5H-dipyrido[1,2-a:3',2'-e]pyrazin-2-yl]amino}-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide ;
分子量 formula_weight	478.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/p3/6p39/6p39.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/6p39/6p39.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/6p39/6p39.dat