6pai

Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） RNA-binding protein 39 × 1 （Q7Z3L0） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1140； UniProt 1–1140

DDB1- and CUL4-associated factor 15

Homo sapiens

UniProt Q66K64

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） RNA-binding protein 39 × 1 （Q7Z3L0） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCA15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 8–281； UniProt 2–275 作者链 C； PDB构建体 282–498； UniProt 384–600

RNA-binding protein 39

Homo sapiens

UniProt Q7Z3L0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7Z3L0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 5–101； UniProt 78–174

DET1- and DDB1-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9BW61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） RNA-binding protein 39 × 1 （Q7Z3L0） 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6pai
沉积日期 deposition_date	2019-06-11
结构标题 title	Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820
关键词 keywords	sulfonamide, RBM39, DCAF15, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6pai__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6pai__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6pai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.59 Å
Rg（电子密度）	39.26 Å
总 Rg	39.53 Å
原子数	13142
残基数	1649
排除体积	234970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6pai__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	127097.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13196

MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DDB1- and CUL4-associated factor 15
分子量 formula_weight	56414.9 kDa
突变 mutation	UNP residues 2-275,384-600
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHHHHHHAPSSKSERNSGAGSGGGGPGGAGGKRAAGRRREHVLKQLERVKISGQLSPRLFRKLPPRVCVSLKNIVDEDFLYAGHIFLGFSKCGRYVLSYTSSSGDDDFSFYIYHLYWWEFNVHSKLKLVRQVRLFQDEEIYSDLYLTVCEWPSDASKVIVFGFNTRSANGMLMNMMMMSDENHRDIYVSTVAVPPPGRCAACQDASRAHPGDPNAQCLRHGFMLHTKYQVVYPFPTFQPAFQLKKDQVVLLNTSYSLVACAVSVHSAGDRSFCQILYDHSTPGYVNYTKLYYVLESGEGTEPEDELEDDKISLPFVVTDLRGRNLRPMRERTAVQGQYLTVEQLTLDFEYVINEVIRHDATWGHQFCSFSDYDIVILEVCPETNQVLINIGLLLLAFPSPTEEGQLRPKTYHTSLKVAWDLNTGIFETVSVGDLTEVKGQTSGSVWSSYRKSCVDMVMKWLVPESSGRYVNRMTNEALHKGCSLKVLADSERYTWIVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA-binding protein 39
分子量 formula_weight	12098.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSHMAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DET1- and DDB1-associated protein 1
分子量 formula_weight	11855.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADFLKGLPVYNKSNFSRFHADSVCKASNRRPSVYLPTREYPSEQIIVTEKTNILLRYLHQQWDKKNAAKKRDQEQVELEGESSAPPRKVARTDSPDMHEDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide
分子量 formula_weight	336.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6paid_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6paiA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6paiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6paiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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晶胞边长 a length_a	81.507 Å
晶胞边长 b length_b	94.767 Å
晶胞边长 c length_c	145.706 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.450 Å
R 因子 r_factor	0.2104
R_work r_work	0.2083
R_free r_free	0.2518

Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DDB1- and CUL4-associated factor 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-binding protein 39

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DET1- and DDB1-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6pai__assembly_1__model_1

6pai__assembly_1__model_1 | I(q)

6pai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)