6pw8

Hydrocarbon-Stapled Paxillin Peptide Bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of the Focal Adhesion Kinase (FAK)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Focal adhesion kinase 1

Homo sapiens

UniProt Q05397

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 749–874 片段:focal adhesion targeting domain (UNP residues 749-874) SP3 × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.02 M zinc chloride, 20% PEG3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FAK1_HUMAN
Isoform Q05397-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–126; UniProt 749–874

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6pw8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6pw8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6pw8
沉积日期 deposition_date2019-07-22
结构标题 titleHydrocarbon-Stapled Paxillin Peptide Bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of the Focal Adhesion Kinase (FAK)
关键词 keywordsInhibitor, Stapled Peptide, Tyrosine Kinase, PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex; PROTEIN BINDING/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.25
零角强度 I(0) i04441550.00
分子量 molecular_weight15762.0 kDa
排除体积 excluded_volume20071 ų
包络体积 envelope_volume22195 ų
水化壳体积 shell_volume12407 ų
包络直径 envelope_diameter63.2
壳层 Rg shell_rg21.10
包络 Rg envelope_rg16.58
形状 Rg shape_rg16.25
总 Rg total_rg17.19
总原子数 total_atoms1097
残基数 n_residues137
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.6
Rg (实空间) rg_real17.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real4.4420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4790e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4442000.0000
解质量估计 total_estimate0.7026
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.547
峰度 Kurtosis kurtosis0.041
角度范围 angular_range— – 0.4700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1245000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.487; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.668; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)