6q0v

Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） RNA-binding protein 39 × 1 （Q14498） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 29–423； UniProt 1–395 作者链 A； PDB构建体 430–864； UniProt 706–1140

DDB1- and CUL4-associated factor 15

Homo sapiens

UniProt Q66K64

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） RNA-binding protein 39 × 1 （Q14498） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCA15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 50–276； UniProt 34–260 作者链 C； PDB构建体 46–263； UniProt 383–600

RNA-binding protein 39

Homo sapiens

UniProt Q14498

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） DET1- and DDB1-associated protein 1 × 1 （Q9BW61） N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 25–107； UniProt 250–332

DET1- and DDB1-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9BW61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） DDB1- and CUL4-associated factor 15 × 1 （Q66K64） RNA-binding protein 39 × 1 （Q14498） N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 25–126； UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6q0v
沉积日期 deposition_date	2019-08-02
结构标题 title	Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39
关键词 keywords	Ubiquitin, homeostasis, targeted protein degradation, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6q0v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6q0v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6q0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.95 Å
Rg（电子密度）	33.97 Å
总 Rg	34.57 Å
原子数	10477
残基数	1313
排除体积	187270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6q0v__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	96425.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10494

MGSSHHHHHHSAAHIVMVDAYKPTKGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGGNGNSGEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DDB1- and CUL4-associated factor 15
分子量 formula_weight	31611.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDWSHPQFEKSAVGLNDIFEAQKIEWHEGGGGSGENLYFQGGGRMGRRREHVLKQLERVKISGQLSPRLFRKLPPRVCVSLKNIVDEDFLYAGHIFLGFSKCGRYVLSYTSSSGDDDFSFYIYHLYWWEFNVHSKLKLVRQVRLFQDEEIYSDLYLTVCEWPSDASKVIVFGFNTRSANGMLMNMMMMSDENHRDIYVSTVAVPPPGRCAACQDASRAHPGDPNAQCLRHGFMLHTKYQVVYPFPTFQPAFQLKKDQVVLLNTSYSLVACAVSVHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DDB1- and CUL4-associated factor 15
分子量 formula_weight	29893.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDWSHPQFEKSAVGLNDIFEAQKIEWHEGGGGSGENLYFQGGGRMEPGYVNYTKLYYVLESGEGTEPEDELEDDKISLPFVVTDLRGRNLRPMRERTAVQGQYLTVEQLTLDFEYVINEVIRHDATWGHQFCSFSDYDIVILEVCPETNQVLINIGLLLLAFPSPTEEGQLRPKTYHTSLKVAWDLNTGIFETVSVGDLTEVKGQTSGSVWSSYRKSCVDMVMKWLVPESSGRYVNRMTNEALHKGCSLKVLADSERYTWIVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA-binding protein 39
分子量 formula_weight	12062.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSSHHHHHHSAVDENLYFQGGGRMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DET1- and DDB1-associated protein 1
分子量 formula_weight	14542.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGSSHHHHHHSAVDENLYFQGGGRMADFLKGLPVYNKSNFSRFHADSVCKASNRRPSVYLPTREYPSEQIIVTEKTNILLRYLHQQWDKKNAAKKRDQEQVELEGESSAPPRKVARTDSPDMHEDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide
分子量 formula_weight	415.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6q0vd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6q0vd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6q0vA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6q0vA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6q0vD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

▶

晶胞边长 a length_a	81.769 Å
晶胞边长 b length_b	94.613 Å
晶胞边长 c length_c	260.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.550 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2420

Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DDB1- and CUL4-associated factor 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-binding protein 39

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DET1- and DDB1-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q0v__assembly_1__model_1

6q0v__assembly_1__model_1 | I(q)

6q0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)