SAXSdb — 6q8j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD40 repeat-containing protein SMU1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–196	未记录	XS4 1-~{tert}-butyl-3-[6-(3,5-dimethoxyphenyl)-2-[[1-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylamino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-yl]urea × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6, 16-20 % PEG 10K, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6Q8J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 L 1–513（513 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 Y 1–513（513 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6Q8F Nterminal domain of human SMU1 提交 2018-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–513（512 aa）链 B 2–513（512 aa）	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 16-20 % PEG 10K, 0.1 M ammonium acetate	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
6Q8I Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid 提交 2018-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–513（512 aa）链 B 2–513（512 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K	分辨率 3.17 Å R-free 0.277
6Q8I Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid 提交 2018-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 2–513（512 aa）链 F 2–513（512 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K	分辨率 3.17 Å R-free 0.277
6Q8I Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid 提交 2018-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 2–513（512 aa）链 J 2–513（512 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K	分辨率 3.17 Å R-free 0.277
6Q8I Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid 提交 2018-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 2–513（512 aa）链 N 2–513（512 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K	分辨率 3.17 Å R-free 0.277
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 4Z 1–513（513 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric	链 4Z 1–513（513 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric	链 v 1–513（513 aa）链 w 1–513（513 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.29 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric	链 v 1–513（513 aa）链 w 1–513（513 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric	链 v 1–513（513 aa）链 w 1–513（513 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMU1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–197； UniProt 2–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6q8j
沉积日期 deposition_date	2018-12-14
结构标题 title	Nterminal domain of human SMU1 in complex with LSP641
关键词 keywords	Splicing factor, influenza virus, SPLICING; SPLICING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.95 Å
零角强度 I(0) i0	8774520.00
分子量 molecular_weight	22469.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28379 Å³
包络体积 envelope_volume	36936 Å³
水化壳体积 shell_volume	15399 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.51 Å
包络 Rg envelope_rg	23.53 Å
形状 Rg shape_rg	22.94 Å
总 Rg total_rg	23.52 Å
总原子数 total_atoms	1585
残基数 n_residues	188
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8774000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7589
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.742
峰度 Kurtosis kurtosis	0.062
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1136000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.484; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.424; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	WD40 repeat-containing protein SMU1
分子量 formula_weight	22115.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1709

MGSIEIESSDVIRLIMQYLKENSLHRALATLQEETTVSLNTVDSIESFVADINSGHWDTVLQAIQSLKLPDKTLIDLYEQVVLELIELRELGAARSLLRQTDPMIMLKQTQPERYIHLENLLARSYFDPREAYPDGSSKEKRRAAIAQALAGEVSVVPPSRLMALLGQALKWQQHQGLLPPGMTIDLFRGKAAVKDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-~{tert}-butyl-3-[6-(3,5-dimethoxyphenyl)-2-[[1-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylamino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-yl]urea ;
分子量 formula_weight	650.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.193 Å
晶胞边长 b length_b	72.193 Å
晶胞边长 c length_c	183.164 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	43.720 Å
R 因子 r_factor	0.1636
R_work r_work	0.1606
R_free r_free	0.2201

fit	/app/data/saxs_computation/q8/6q8j/6q8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q8/6q8j/6q8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q8/6q8j/6q8j.dat

Nterminal domain of human SMU1 in complex with LSP641

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD40 repeat-containing protein SMU1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction