6qkl

Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ribosomal protein L3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL3_DICDI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398

60S ribosomal protein L9

物种未注明

UniProt Q54XI5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL9_DICDI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

60S ribosomal protein L23

物种未注明

UniProt Q54G86

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL23_DICDI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

60S ribosomal protein L10

物种未注明

UniProt Q54J69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL10_DICDI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

60S ribosomal protein L24

物种未注明

UniProt Q54VN6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL24_DICDI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

物种未注明

UniProt P14794

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL40_DICDI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–52； UniProt 77–128

Eukaryotic translation initiation factor 6

物种未注明

UniProt Q551M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	IF6_DICDI
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224

Ribosome maturation protein SBDS

Homo sapiens

UniProt Q9Y3A5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SBDS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

60S acidic ribosomal protein P0

物种未注明

UniProt P22685

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S ribosomal protein L12 × 1 （Q54J50）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RLA0_DICDI
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

60S ribosomal protein L12

物种未注明

UniProt Q54J50

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	26S RIBOSOMAL RNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P34113） 60S ribosomal protein L9 × 1 （Q54XI5） 60S ribosomal protein L23 × 1 （Q54G86） 60S ribosomal protein L10 × 1 （Q54J69） 60S ribosomal protein L24 × 1 （Q54VN6） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 1 （P14794） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q551M2） Ribosome maturation protein SBDS × 1 （Q9Y3A5） 60S acidic ribosomal protein P0 × 1 （P22685）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL12_DICDI
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qkl
沉积日期 deposition_date	2019-01-29
结构标题 title	Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit
关键词 keywords	60S subunit, eIF6, SBDS, uL16, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qkl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qkl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.53 Å
Rg（电子密度）	59.04 Å
总 Rg	59.08 Å
原子数	39284
残基数	3024
排除体积	612070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qkl__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	26S RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	1205997.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	39284

UCCGCCUCACCUUUGUAAGAUUACCCGCUGAACUUAAGCAUAUCAGUAAGCGGAGGAAAAGAAACUAACUAGGAUUCCGUCAGUAACGGCGAGUGAAGACGGAAUAGCCCAAGGUUCAAACCUGGAUCUCUUCGAGGUUAGGUGAUGUGACCUAUGGACUGAUGGAGCCCGCUGUUGUGACUGCUAAUUCCGUUUGGAAUUUCGAGUCGUAGAAGGUGAUAACCCUGUUCGCAGUAUCACAACAGUUGGACUUUGCCAUUAGCUCCACGAGUAGGAAUGUCUGAAAUUGCAUUCUGAAUGGGUGAUAAGAUUCAUCCAAGGCUAAAUAUAUGUUAGGAGAUCGAUAGCAUACAAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACUUUGAAAAAAGGUUUAAAAGUAUUUGACACCGUUUAUGUGGAAGCGUUUACUUGGACCCCGAUUAAUGACGUCGGUUUAGCUCUAAUUCUUAGGUGGCCAAAGUAGAGUGUUACGUGCUGAUCAAAAGGUAACGGACAUUUGAUUCAUUGGUUAUCGACGAGGAAGGUACUCUAAAUCGGCCAGUUACUAACGGGUGAGAUCUGAUGUUUAUAAAAUGGGGGAUGAGGCUUAUCGGCUUGCUGGUGGCUCGCUCUCAAUAAUGGAUAUUGGGUUUCAUCAAGAGUGCAAAAUGGUGGCAAUUCACUAUUAGUGGUUAUUAAUUUUGUUUGCGUGGCUUGGCCUUGUCUACAGGUUAUCUUCGGAUGGCUUGUAGCUUUGUUGAACGCGUGGGCUUAAUGUUGUGAUUCUAGUAGCGUUACCAUAUCGUUAGAGUGGGUUCAAUAAAUGUCCCGUCUUGAAACACGGAUCAAGGAGGCCGUUUUGUGUGCGAGUGUAAGAGUAAUUAAAACUCUGACGCGUAUUGAAAGAAAGAAUACUCCAAAAGAUCGUAACUACGGUUACCUUCUGUAAGGAGUGCCCGAAUCAUGAGAACUCUGUUUCGAAAGGAUUUGCGGUUGAGCACCUAGAAUGGGACCCGAAAGGUUGUGAACUAUGCCUGAGGAAGGCGAAGUCAGGGGAAACUCUGAUGGAGGCUUGUCGCAAUGCUGACGUGCAAAUCGCUUGUCUAACUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACAACCUAGUAGCUGGUUCCUUCCGAAGUUUCCCUCAGGAUAGCUGGAGCAGUAUUCUAGUUCCAUCUUGUAAAGACAAUGAUUAGCAGUUUCGGGGGCGUAAUGCUCUCAGCUGAUUCUCAAACUCUGAACGGGUGGGUAUCAUUUUAAUUCACUUAAUUGGAUUUUAAAAUUAAAUUGCACAUGUGCAAUGAAAAAUAGGAGCUCUUAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGUGGGUUGAACCAAAUAUUGGGAUAAGACGUCUAACAUUCACUAAUAGAUACCACAAAAGGUGUUAGUUCAUUAAGACAGCAGGACGGUGGCCAUGGAAGUCGGUAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCUGCCAAAUGGACUAGCCCUGAAAAUGGAUGACGCUAGCAGUGGAUGGUCGAUGCCCAAUCGUUAAAAGAAGUGAUAAUACUUUUAACGUGUAGGAAGGCGUGAAGGUAACGUAGAAGCUUGAAUGUGAAUUCGAGUGGAGUUGUCUUUAGUGCAGAUCUUGAUGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAAGAAUUUACUUUGAAGGCCGAAGUGGGGAAGGGUUCCAUAACAAUGGAAUUCACUUAUGGGUGAGUCGAUCCUAAGGUUUGGGUUAACUCUCUCUAAUAAGGUUACUAGGUCAUUGGAUCGAAAGUGAAGGUGGCUUUAACACUAGUGACUUUAUAGGCCGAAAGGGAAGCGGGUUAAAAUUCCUGCACCAUCGAAUGGGAUAUUAGGGUAACCGAUCGUAAUCCGGGACAUCAAUUGGCGGUCGAGGAAGAGUUAUCUUUUCUUGUUAACAUUGUCUUGGGGUCCUCCGAAUCAGGUCAACUGGAGACGAGGAUUCAUCGCACAAUGGAAGAGCACAGUCCUUUGGAUUGGGUCUCGCAUCCGCUAAAUGGUCCUUGAAAACCGGAUUAUGGUAUUUAAUCCUAUUUGGUGUUCGUACCAAUAACCACAUCAGGUCUCCAAGGUGAAUAGCCUCUGGUCAAAUGUAUUAAUGUAGAUAAGGGAAGUCGGCAAAACCGAUCUGUAACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAAGGCUGGUGGAGUGGACAUAUUGGAGUUUGCUAUUUGUUUUUUACUUUUAGGAUGGGCAACUGUUUUGAAGGUUUAAGAUGGGUGGUAAUUCUUUCCAAUGUGAGGGCUUGCUCGUUCUGCUUUACGAUUAACAGCUAAUUUAGAACUGUGACGAUCACCGGGAAUCCAACUGUUUAAUUAAAACAAAGCAUUGCGAUAAGCUUAAAAGCUUUUGACGCAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAGAUUCAACCUAGCACGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUCAAUGAGAUUCCCACUGUCCCUAACUACUAUACAGCGAAACCACUGCAAGGGGAACGGGCCUUGCAAAAACAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUCUGAUAUUGCAUAGUGACCUAAAAGGUGUAGAAUAGGUGGGAGGGGCAACCCGACGGUGAAAUACCACCCCUUUUGGCGUUACUUUGCUAACUUGGAAUAACAGUACCUCAUAAUUCAUUUUAUGAUGGUUUUGGUGAAUAAGCGGAUCAACCACGGGUGAAAUCUGUGCAAAUUGGGCAACUGAUUUGUAUAGCAAAGUAGUCCCUCUGGUCCCGUAUUAUGUCGACCAAGAACAGUUUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCACAUUUGUUAAAAGAUAACGCAAGUGUCCAAAGGCAGGCUCAGUGAGAACAGAAAUCUCACGUAGAGUAAAAGGGCAAAAGCCUGCUUGAUUCUGAUUUUCAGUACUAAUCGGAACUGGGAAACCAGGGCCUAUCGAUCCUUUAUGUGCUUAAAUCUUAACCCUAGAGGUGUCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCAGCCAAGCGCUCAUAGCGACGCUGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCUUAUCAUUGUGAAGCAGAAUUCACAAAGUGUUGGAUUGUUCACCCACUAACAAGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGUUGUCAAUUGUUUGCGUAAUAGUAGCAUGAUUUAGUACGAGAGGAACUGUCAUGCCGGAUCACUGGUCUGUAGGUUUAUUUGACAAAAUAGUGACCUGCCGCUACCAUCCGUUGGAUAAUGGCUGAACGCCUCUAAGUCAGAAUCCAUUCUAGAAACGCAAACCAAAUGCUUUAGAGUGUGAAUGUUGUAGGUAACAUUAGGUUGUUGGUGGGGGACCACUUUCAACUUUAAACCAUAUGAUUAAUCGCUGUUACACUGCAGUUUCCUUCCGGUUAUUGUGGUGGGUGGCUAAAUUCUAAUUUAUAUCCUCGUUCCGCUCAACUCUUCGAUUGUAGACGACUAUCAAAUGAACUAGGUGCUGUAAGCUUCCGAGUAGCGUUCAGUUACGAGGGGUUGAGGCUUUUCCAUUAGUUCUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L3
分子量 formula_weight	45158.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSHRKFEAPRHGNLGFRPRKRAARHQGKVKSFPKDDRTQKVHLTAFMGYKAGMTHVVRDLEKPGSKMHKKEIVEAVTIIECPPMYIVGLVGYVETAQGLKTYKTVWAQHLSDNFRRRLYKNWYKSKSKKAFTKYVKQYETEEGKKSIEASLQAIKKRCSVVRVIAHTQVHKLKLTQKKAHVLEIQVNGGSIVEKVNFAVANFEKTVNVTGVFAENELIDVIGVTKGKGFNGVIKRWGVRKLPRKTHKGLRKVACIGAWHPSRVSTTVPRAGQLGYHHRVERNKKIYRIGQAQPEDGKQISTGKTEFDLTEKTINPMGGFAHYGMVKHEFLMLKGCVAGPRKRALTLRKSITTQTGRAALEKITLKFIDTSSKFGHGLHQTAEDKTKYFGVKKSRSTKA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L9
分子量 formula_weight	21250.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKVINSSRKVQIPENVTVDVKGRSVKVTGPRGTLSKSFDHASVDINLVGKKELTVDLWFGNRKQIACIKTITSIIENMITGVTKGYEYKMRFVYAHFPINVAVTDGGRVVEIRNFFGEKIVRRIELLDGITCYRNEKAKDEIVLTGNSLELLSQSCATIQLRSAIKYKDVRKFLDGIYVSERNVLESN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L23
分子量 formula_weight	14567.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSKAQAVGSNYRVSLGLPVGAVMNSADNSGAKNLYVIAVKGIKGRLNRLPSAGVGDMVMATVKKGKPELRKKVCTGLVVRQRKHWKRKDGVYIYFEDNAGVMCNPKGEVKGNILGPVAKECSDLWPKVATNAGTIV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L10
分子量 formula_weight	24591.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGRRPARCYRYCKNKPYIKSRYCRGVPDAKIRIFDLGRKKASTDEFPLCVHLISLEKEQLSSEAIEAGRISCNKYISKTGGKDSFHMRVRVHPWHVLRINKMLSCAGADRLQTGMRGAFGKPMGTVARVNIGQIIFSIRTRDNMLANVVEALRRSSYKFPGRQKIVVSKKWGFTAYNREAYQKLKADGRLMNDGANVKVITNHGTLAQYAKDIAAAN

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L24
分子量 formula_weight	8334.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKTSLCNYSEFKIYPARGMKFVRGDSKVFHFINTKVESLFFRKINPRDIRWSMVYRRIYKNTTTDVSAK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
分子量 formula_weight	6170.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IEPSLVILARKYKCDKMICRKCYARLHPRAVNCRKKKCGHSNNLRPKKKLLK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 6
分子量 formula_weight	24107.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MATRLQYENSCDVGVFLKLTNKYCLVGQCGSKQFLHTVENRLADHIPVVETSIAGTRIVGRLSAGNKNGLLLPNTCTDQELQQIRNSLPDDVVVQRIEEKFSALGNCIATNDYVALVHPDIDRETEEIIADVLGVEVFRQTVSGNVLVGTYCALTNQGALVHPMTSIADQDELSSLLQVPLVAGTVNRGNECVAAGCVVNDWTAIVGADTTATEISVIESIFAL

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Ribosome maturation protein SBDS
分子量 formula_weight	28813.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MSIFTPTNQIRLTNVAVVRMKRAGKRFEIACYKNKVVGWRSGVEKDLDEVLQTHSVFVNVSKGQVAKKEDLISAFGTDDQTEICKQILTKGEVQVSDKERHTQLEQMFRDIATIVADKCVNPETKRPYTVILIERAMKDIHYSVKTNKSTKQQALEVIKQLKEKMKIERAHMRLRFILPVNEGKKLKEKLKPLIKVIESEDYGQQLEIVCLIDPGCFREIDELIKKETKGKGSLEVLNLKDVEEGDEKFE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S acidic ribosomal protein P0
分子量 formula_weight	22434.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSGAGSKRKNVFIEKATKLFTTYDKMIVAEADFVGSSQLQKIRKSIRGIGAVLMGKKTMIRKVIRDLADSKPELDALNTYLKQNTCIIFCKDNIAEVKRVINTQRVGAPAKAGVFAPNDVIIPAGPTGMEPTQTSFLQDLKIATKINRGQIDIVNEVHIIKTGQKVGASEATLLQKLNIKPFTYGLEPKIIYDAGACYSPSISEE

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L12
分子量 formula_weight	17811.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MPPKVDPSEKVEVFLRVCGGEAGAMSTLAPKLGPLGVSPKKVGDDIAKATQPWKGMKVSVKLTIQNRIAVPEVLPSASALVIKALKEPPRDRKKEKNIKHNGNIPLEEICKIAKTMRFKSLAVDFKGSVLEILGTAHSVGCKVNGKSPRDIQAGIQSGEIEVVEPK

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	6qklA01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	960 — Ribosomal protein L3; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L3, domain 3

结构域编号 domain_id	6qklA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	6qklA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1430 — Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6qklB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Ribosomal protein L6

结构域编号 domain_id	6qklB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Ribosomal protein L6

结构域编号 domain_id	6qklE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	150 — Ribosomal Protein L14
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L14/L23

结构域编号 domain_id	6qklF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L16/L10

结构域编号 domain_id	6qklF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6qklG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	170 — Ribosomal Protein L24e; Chain: T;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L24

结构域编号 domain_id	6qklH00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1060 — ZNF265 like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6qklI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	75 — 5-stranded Propeller
拓扑 Topology topology	10 — L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	43063

Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ribosomal protein L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation initiation factor 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome maturation protein SBDS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S acidic ribosomal protein P0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体