6qxf

Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex from the Type II-A CRISPR-Cas system

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csn2

Streptococcus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 20 DNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 8 （G3ECR2） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 4 （G3ECR3） DNA (25-MER) × 1 DNA (25-MER) × 1 CALCIUM ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSN2_STRTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 E； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 F； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 G； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 H； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Streptococcus thermophilus

UniProt G3ECR2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 20 DNA 2	CRISPR-associated protein Csn2 × 8 （G3ECR4） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 4 （G3ECR3） DNA (25-MER) × 1 DNA (25-MER) × 1 CALCIUM ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS1_STRTR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 J； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 L； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 M； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 O； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 P； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 R； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 S； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

Streptococcus thermophilus

UniProt G3ECR3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 20 DNA 2	CRISPR-associated protein Csn2 × 8 （G3ECR4） CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 8 （G3ECR2） DNA (25-MER) × 1 DNA (25-MER) × 1 CALCIUM ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS2_STRTR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 N； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 Q； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 T； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qxf
沉积日期 deposition_date	2019-03-07
结构标题 title	Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex from the Type II-A CRISPR-Cas system
关键词 keywords	;CRISPR, Cas, DNA binding, Nuclease, Adaptation, Spacer acquisition, DNA BINDING PROTEIN, Protein complex, Protein-DNA complex, Calcium, Metal-binding, Antiviral ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qxf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qxf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.70 Å
Rg（电子密度）	62.35 Å
总 Rg	62.10 Å
原子数	34693
残基数	4138
排除体积	622660 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qxf__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csn2
分子量 formula_weight	25533.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	34693

MKINFSLLDEPMEVNLGTVLVIEDVSVFAQLVKEFYQYDEQSNLTIFDSKIRSIRSSELLLITDILGYDINTSQVLKLLHTDIVSQLNDKPEVRSEIDSLVSLITDIIMAECIENELDIEYDEITLLELIKALGVRIETKSCTVFEKIFEILQIFKYLVKKRILVFVNSLSYFSKDEIYQILEYTKLSQADVLFLEPRQIEGIQQFILDKDYILMPYNN

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	35363.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	C-terminal Strep tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,L,M,O,P,R,S

MAGWRTVVVNIHSKLSYKNNHLIFRNSYKTEMIHLSEIDILLLETTDIVLTTMLVKRLVDENILVIFCDDKRLPTAFLTPYYARHDSSLQIARQIAWKENVKCEVWTAIIAQKILNQSYYLGECSFFEKSQSIMELYHGLERFDPSNREGHSARIYFNTLFGNDFTRESDNDINAALDYGYTLLLSMFAREVVVCGCMTQIGLKHANQFNQFNLASDIMEPFRPIIDRIVYQNRHNNFVKIKKELFSIFSETYLYNGKEMYLSNIVSDYTKKVIKALNQLGEEIPEFRILESGWSHPQFEKA

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	13431.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N,Q,T

MSYRYMRMILMFDMPTDTAEERKAYRKFRKFLLSEGFIMHQFSVYSKLLLNHTANTAMVGRLKANNPKKGNITILTVTEKQFARMIYLYGDKNTSIANSEERLVFLGDNYCDED

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7559.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7785.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6qxfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfE02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfF02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfG02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

结构域编号 domain_id	6qxfH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11940 —

结构域编号 domain_id	6qxfH02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2340 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	306470

Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex from the Type II-A CRISPR-Cas system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qxf__assembly_1__model_1

6qxf__assembly_1__model_1 | I(q)

6qxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex from the Type II-A CRISPR-Cas system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qxf__assembly_1__model_1

6qxf__assembly_1__model_1 | I(q)

6qxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)