SAXSdb — 6qzf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 60	Proximal tail tube connector protein × 12 （P68930） Pre-neck appendage protein × 36 （P20345）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0a； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0b； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0c； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0d； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0e； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0f； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0g； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0h； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0i； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0j； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0k； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 0l； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309

Proximal tail tube connector protein

物种未注明

UniProt P68930

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 60	Portal protein × 12 （P04332） Pre-neck appendage protein × 36 （P20345）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUB11_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 0A； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0B； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0C； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0D； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0E； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0F； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0G； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0H； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0I； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0J； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0K； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 0L； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

Pre-neck appendage protein

物种未注明

UniProt P20345

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 60	Portal protein × 12 （P04332） Proximal tail tube connector protein × 12 （P68930）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIB12_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 B； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 C； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 D； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 E； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 F； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 G； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 H； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 I； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 J； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 K； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 L； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 M； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 N； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 O； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 P； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 Q； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 R； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 S； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 T； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 U； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 V； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 W； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 X； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 Y； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 Z； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 a； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 b； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 c； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 d； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 e； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 f； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 g； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 h； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 i； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 j； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qzf
沉积日期 deposition_date	2019-03-11
结构标题 title	The cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in genome emptied bacteriophage phi29
关键词 keywords	bacteriophage, phi29, genome emptied virion, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qzf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qzf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qzf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	87.83 Å
Rg（电子密度）	86.67 Å
总 Rg	86.39 Å
原子数	71628
残基数	8880
排除体积	1265900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qzf__assembly_1__model_1`	60-meric （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	35917.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0a,0b,0c,0d,0e,0f,0g,0h,0i,0j,0k,0l
原子数 atom_count	71628

MARKRSNTYRSINEIQRQKRNRWFIHYLNYLQSLAYQLFEWENLPPTINPSFLEKSIHQFGYVGFYKDPVISYIACNGALSGQRDVYNQATVFRAASPVYQKEFKLYNYRDMKEEDMGVVIYNNDMAFPTTPTLELFAAELAELKEIISVNQNAQKTPVLIRANDNNQLSLKQVYNQYEGNAPVIFAHEALDSDSIEVFKTDAPYVVDKLNAQKNAVWNEMMTFLGIKNANLEKKERMVTDEVSSNDEQIESSGTVFLKSREEACEKINELYGLNVKVKFRYDIVEQMRRELQQIENVSRGTSDGETNE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proximal tail tube connector protein
分子量 formula_weight	33839.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0A,0B,0C,0D,0E,0F,0G,0H,0I,0J,0K,0L

MSSYTMQLRTYIEMWSQGETGLSTAEKIEKGRPKLFDFNYPIFDESYRTIFETHFIRNFYMREIGFETEGLFKFHLETWLMINMPYFNKLFESELIKYDPLENTRVGVKSNTKNDTDRNDNRDVKQDLTSNGTSSTDAKQNDTSKTTGNEKSSGSGSITDDNFKRDLNADTADDRLQLTTKDGEGVLEYASQIEEHNENKKRDTKTSNTTDTTSNTTGTSTLDSDSKTSNKANTTSNDKLNSQINSVEDYIEDRVGKIGTQSYARLVMDYREALLRIEQRIFNEMQELFMLVY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Pre-neck appendage protein
分子量 formula_weight	92193.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j

MSTKPELKRFEQFGEMMVQLYERYLPTAFDESLTLLEKMNKIIHYLNEIGKVTNELIEEWNKVMEWILNDGLEDLVKETLERWYEEGKFADLVIQVIDELKQFGVSVKTYGAKGDGVTDDIRAFEKAIESGFPVYVPYGTFMVSRGIKLPSNTVLTGAGKRNAVIKFMDSVGRGESLMYNQNVTTGNENIFLSSFTLDGNNKRLGQGISGIGGSRESNLSIRACHNVYIRDIEAVDCTLHGIDITCGGLDYPYLGDGTTAPNPSENIWIENCEATGFGDDGITTHHSQYINILNCYSHDPRLTANCNGFEIDDGSRHVVLSNNRSKGCYGGIEIKAHGDAPAAYNISINGHMSVEDVRSYNFRHIGHHAATDPQSVSAKNIVASNLVSIRPNNKRGFQDNATPRVLAVSAYYGVVINGLTGYTDDPNLLTETVVSVQFRARNCSLNGVGLTGFSNSDNGIYVIGGSRGGDAVNISNVTLNNSGRYGVSIGSGIENVSITNISGIGDGINSPVALVSTINSNPEISGLSSIGYPTAARVAGTDYNDGLTLFNGAFRASTTSSGKIHSEGFIMGSTSGCEASVSKSGVLTSSSSKTSSERSLIAGSSTSEAKGTYNTILGSLGAVADEQFAALISASQSRASGNHNLILSSYGINTTGSYKVNGGFEKINWELDSLNGRIKARDTVTGGNTWSDFAEYFESLDGQVIETGYLVTLEKGKIRKAEKGEKIIGVISETAGFVLGESSFEWQGAVLKNEFGGIIYEEVTTEDGVKFKRPLPSPDFDPNKNYIPRSQRREWHVVGLLGQIAVRIDETVKQGHGIDAVGGVATDGDNFIVQEITTPYTKEKGYGVAIVLVK

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分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31478

The cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in genome emptied bacteriophage phi29

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proximal tail tube connector protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pre-neck appendage protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qzf__assembly_1__model_1

6qzf__assembly_1__model_1 | I(q)

6qzf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

The cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in genome emptied bacteriophage phi29

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proximal tail tube connector protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-neck appendage protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qzf__assembly_1__model_1

6qzf__assembly_1__model_1 | I(q)

6qzf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)