6rfv

Revisiting pH-gated conformational switch. Complex HK853-RR468 pH 7

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor histidine kinase

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

UniProt Q9WZV7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Response regulator × 2 (Q9WYT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 14 MAGNESIUM ION × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9WZV7_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–258; UniProt 232–489 作者链 B; PDB构建体 1–258; UniProt 232–489

Response regulator

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

UniProt Q9WYT9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Sensor histidine kinase × 2 (Q9WZV7) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 14 MAGNESIUM ION × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9WYT9_THEMA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122 作者链 D; PDB构建体 1–122; UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6rfv
沉积日期 deposition_date2019-04-16
结构标题 titleRevisiting pH-gated conformational switch. Complex HK853-RR468 pH 7
关键词 keywordsHistidine Kinase, Response Regulator, Phosphotransfer, Phosphatase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rfv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rfv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rfv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.73 Å
Rg(电子密度)26.94 Å
总 Rg27.64 Å
原子数5615
残基数704
排除体积100310 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6rfv__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6rfva1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.30 — ROP-like
超家族 Superfamily superfamilya.30.2 — Homodimeric domain of signal transducing histidine kinase
家族 Family familya.30.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6rfva2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.3 — Histidine kinase
结构域编号 domain_idd6rfvb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.30 — ROP-like
超家族 Superfamily superfamilya.30.2 — Homodimeric domain of signal transducing histidine kinase
家族 Family familya.30.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6rfvb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.3 — Histidine kinase
结构域编号 domain_idd6rfvc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6rfvd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6rfvA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain
结构域编号 domain_id6rfvA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id6rfvB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain
结构域编号 domain_id6rfvB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)