SAXSdb — 6s6t

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate synthase [NADPH] large chain

Azospirillum brasilense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Glutamate synthase [NADPH] small chain × 3 （Q05756） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 FE3-S4 CLUSTER × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLTB_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1515； UniProt 1–1515 作者链 B； PDB构建体 1–1515； UniProt 1–1515 作者链 C； PDB构建体 1–1515； UniProt 1–1515 作者链 D； PDB构建体 1–1515； UniProt 1–1515

Glutamate synthase [NADPH] small chain

Azospirillum brasilense

UniProt Q05756

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Glutamate synthase [NADPH] large chain × 4 （Q05755） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 FE3-S4 CLUSTER × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLTD_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 F； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 G； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6s6t
沉积日期 deposition_date	2019-07-03
结构标题 title	Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 oligomeric state
关键词 keywords	glutamate synthesys, complex, oligomeric assemblies, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6s6t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6s6t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6s6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.95 Å
Rg（电子密度）	69.42 Å
总 Rg	69.53 Å
原子数	56540
残基数	7301
排除体积	1002600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6s6t__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate synthase [NADPH] large chain
分子量 formula_weight	166224.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	56543

MTTELNQGEQFVADFRANAAALTTANAYNPEDEHDACGVGFIAAIDGKPRRSVVEKGIEALKAVWHRGAVDADGKTGDGAGIHVAVPQKFFKDHVKVIGHRAPDNKLAVGQVFLPRISLDAQEACRCIVETEILAFGYYIYGWRQVPINVDIIGEKANATRPEIEQIIVGNNKGVSDEQFELDLYIIRRRIEKAVKGEQINDFYICSLSARSIIYKGMFLAEQLTTFYPDLLDERFESDFAIYHQRYSTNTFPTWPLAQPFRMLAHNGEINTVKGNVNWMKAHETRMEHPAFGTHMQDLKPVIGVGLSDSGSLDTVFEVMVRAGRTAPMVKMMLVPQALTSSQTTPDNHKALIQYCNSVMEPWDGPAALAMTDGRWVVGGMDRNGLRPMRYTITTDGLIIGGSETGMVKIDETQVIEKGRLGPGEMIAVDLQSGKLYRDRELKDHLATLKPWDKWVQNTTHLDELVKTASLKGEPSDMDKAELRRRQQAFGLTMEDMELILHPMVEDGKEAIGSMGDDSPIAVLSDKYRGLHHFFRQNFSQVTNPPIDSLRERRVMSLKTRLGNLGNILDEDETQTRLLQLESPVLTTAEFRAMRDYMGDTAAEIDATFPVDGGPEALRDALRRIRQETEDAVRGGATHVILTDEAMGPARAAIPAILATGAVHTHLIRSNLRTFTSLNVRTAEGLDTHYFAVLIGVGATTVNAYLAQEAIAERHRRGLFGSMPLEKGMANYKKAIDDGLLKIMSKMGISVISSYRGGGNFEAIGLSRALVAEHFPAMVSRISGIGLNGIQKKVLEQHATAYNEEVVALPVGGFYRFRKSGDRHGWEGGVIHTLQQAVTNDSYTTFKKYSEQVNKRPPMQLRDLLELRSTKAPVPVDEVESITAIRKRFITPGMSMGALSPEAHGTLNVAMNRIGAKSDSGEGGEDPARFRPDKNGDNWNSAIKQVASGRFGVTAEYLNQCRELEIKVAQGAKPGEGGQLPGFKVTEMIARLRHSTPGVMLISPPPHHDIYSIEDLAQLIYDLKQINPDAKVTVKLVSRSGIGTIAAGVAKANADIILISGNSGGTGASPQTSIKFAGLPWEMGLSEVHQVLTLNRLRHRVRLRTDGGLKTGRDIVIAAMLGAEEFGIGTASLIAMGCIMVRQCHSNTCPVGVCVQDDKLRQKFVGTPEKVVNLFTFLAEEVREILAGLGFRSLNEVIGRTDLLHQVSRGAEHLDDLDLNPRLAQVDPGENARYCTLQGRNEVPDTLDARIVADARPLFEEGEKMQLAYNARNTQRAIGTRLSSMVTRKFGMFGLQPGHITIRLRGTAGQSLGAFAVQGIKLEVMGDANDYVGKGLSGGTIVVRPTTSSPLETNKNTIIGNTVLYGATAGKLFAAGQAGERFAVRNSGATVVVEGCGSNGCEYMTGGTAVILGRVGDNFAAGMTGGMAYVYDLDDSLPLYINDESVIFQRIEVGHYESQLKHLIEEHVTETQSRFAAEILNDWAREVTKFWQVVPKEMLNRLEVPVHLPKAISAE

来源 Source

来源生物 organism	Azospirillum brasilense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate synthase [NADPH] small chain
分子量 formula_weight	52425.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G

MANQRMLGFVHTAQRMPDKRPAAERRQDFAEIYARFSDERANEQANRCSQCGVPFCQVHCPVSNNIPDWLKLTSEGRLEEAYEVSQATNNFPEICGRICPQDRLCEGNCVIEQSTHGAVTIGSVEKYINDTAWDQGWVKPRTPSRELGLSVGVIGAGPAGLAAAEELRAKGYEVHVYDRYDRMGGLLVYGIPGFKLEKSVVERRVKLLADAGVIYHPNFEVGRDASLPELRRKHVAVLVATGVYKARDIKAPGSGLGNIVAALDYLTTSNKVSLGDTVEAYENGSLNAAGKHVVVLGGGDTAMDCVRTAIRQGATSVKCLYRRDRKNMPGSQREVAHAEEEGVEFIWQAAPEGFTGDTVVTGVRAVRIHLGVADATGRQTPQVIEGSEFTVQADLVIKALGFEPEDLPNAFDEPELKVTRWGTLLVDHRTKMTNMDGVFAAGDIVRGASLVVWAIRDGRDAAEGIHAYAKAKAEAPVAVAAE

来源 Source

来源生物 organism	Azospirillum brasilense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47735

Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 oligomeric state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate synthase [NADPH] large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate synthase [NADPH] small chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6s6t__assembly_1__model_1

6s6t__assembly_1__model_1 | I(q)

6s6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 oligomeric state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate synthase [NADPH] large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate synthase [NADPH] small chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6s6t__assembly_1__model_1

6s6t__assembly_1__model_1 | I(q)

6s6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)