6swd

IC2 body model of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S3Ae

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS3A_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

30S ribosomal protein S2

物种未注明

UniProt Q9V191

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS2_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202

Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

物种未注明

UniProt G8ZFK7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G8ZFK7_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

30S ribosomal protein S4

物种未注明

UniProt P61992

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS4_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

30S ribosomal protein S4e

物种未注明

UniProt Q9V1U8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS4E_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243

30S ribosomal protein S5

物种未注明

UniProt Q9V1V5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS5_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236

30S ribosomal protein S6e

物种未注明

UniProt Q9UYS3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6E_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

30S ribosomal protein S8

物种未注明

UniProt Q9V1V0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

30S ribosomal protein S8e

物种未注明

UniProt Q9UZL4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS8E_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

30S ribosomal protein S11

物种未注明

UniProt P62010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS11_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P61994

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS12_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147

30S ribosomal protein S15

物种未注明

UniProt Q9V2K9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS15_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

30S ribosomal protein S17

物种未注明

UniProt Q9V1U5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS17_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

30S ribosomal protein S24e

物种未注明

UniProt Q9UY20

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS24_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

30S ribosomal protein S27e

物种未注明

UniProt Q9UXZ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS27_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

Translation initiation factor 1A

Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)

UniProt Q9V138

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3Ae × 1 （Q9V2K7） 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q9V191） Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation × 1 （G8ZFK7） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P61992） 30S ribosomal protein S4e × 1 （Q9V1U8） 30S ribosomal protein S5 × 1 （Q9V1V5） 30S ribosomal protein S6e × 1 （Q9UYS3） 30S ribosomal protein S8 × 1 （Q9V1V0） 30S ribosomal protein S8e × 1 （Q9UZL4） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P62010） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P61994） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q9V2K9） 30S ribosomal protein S17 × 1 （Q9V1U5） 30S ribosomal protein S24e × 1 （Q9UY20） 30S ribosomal protein S27e × 1 （Q9UXZ3） 30S ribosomal protein aL41 × 1 mRNA × 1 MAGNESIUM ION × 25 ZINC ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	IF1A_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	19
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6swd
沉积日期 deposition_date	2019-09-20
结构标题 title	IC2 body model of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi
关键词 keywords	Translation initiation, cryo-EM, ribosome, tRNA, evolution, archaea, rRNA modifications; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6swd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6swd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6swd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.12 Å
Rg（电子密度）	59.50 Å
总 Rg	59.46 Å
原子数	41522
残基数	3325
排除体积	658160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6swd__assembly_1__model_1`	nonadecameric （19）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (22)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	340430.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	41548

AUUCNGGUUGAUCCUGCCGGAGGCCACUGCUAUGGGGGUCNGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGGCGUCCCUUCUGGGACGCCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUCGGUAACCUACCCUCGGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGCCUGGGGUACUGGAAGGUCCCCAGGCCGAAAGGGAGCCGUAAGGCUCCGCCCGAGGAUGGGCCGGCGGCCGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCNGAAGAUCGGUACGGGCNGUGAGAGCGGGAGCCNGGAGAUGGACACUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCNGCAAUGCGGGAAACNGCGACGGGGGGACCCCCAGUGCCGUGCCUCUGGCACGGCUUUUCCGGAGUGUAAAAAGCUCCGGGAAUAAGGGCUGGGCAAGGCNGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCNGAGUGGUGGCCACUAUUAUUGGGCCUAAAGCGGCNGUAGCCGGGCCCGUAAGUCCCUGGCGAAAUCCCACGGCUCAACNGUGGGGCUCGCUGGGGAUACUGCGGGCCUUGGGACNGGGAGAGGCNGGGGGUACCCCNGGGGUAGGGGUGAAAUCCUAUAAUCCCGGGGGGACCGCCAGUGGCGAAGGCGCCNGGCUGGAACGGGUCNGACGGUGAGGGCNGAAGGCCAGGGGAGCGAACNGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAAGGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGAGCUUCGAGCUCGCCCGGUGCNGUAGGGAAGCNGUUAAGCCNGCNGCCUGGGGAGUACGGCNGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCCUGCUCCUUGCACACACCGCCXGUCACUCCACCCGAGCGGGGCCUAGGUGAGGCCCGAUCUCCUUCGGGAGGUCGGGUCGAGCCUAGGCUCCGUGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCNGUAGGGGAACCUACGGCUCGAUCACCUCCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3Ae
分子量 formula_weight	22888.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAAKRRVSAAKDKWKLKQWYVIYAPDFFGGVEVGLTPADDPEKVLNRVVEVTLKDITGDFLKGHVKLYFQVYDVKGQNAYTKFKGMKLARSYIRSLVRRRTTRIDGIFNITTKDGYKLRVMAMVIAARRIQTSQERAIRKIMQEIIYKKAEELNFKDFVLEAVNGKIAAEIAKEAKKIYPLKKAEIRKIKVLGEPEVAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	23026.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADEYLVPLDQYLAAGVHIGTQQKTKDMKKFIYRVRQDGLYVLDVRKTDERLKVAGKFLARFDPQSILAVSVRLYGQKPVKKFGEVTGARAIPGRFLPGTMTNPAVKNFFEPDVIIITDPRADHQAMKEAIEIGIPIVALVDTENLLSYVDLAIPTNNKGRKALALIYWILAREILYNRGEISSREEFKIPVEEFEMKIVRR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
分子量 formula_weight	7163.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAENVELKFEIPVCTSCGREITPREHATHFVCPNCGEAIIWRCETCRLLAKPYKCPKCGWEGP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S4
分子量 formula_weight	21381.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGDPKRQRKKYETPPHPWIKERLDRERVLMDKYELKNKKELWKHETQLKNFRRRARRLLAARGKQAEIEREQLLARLKRLGLLPEDAVLDDVLSLTIEDILERRLQTIVYKKGLARTMRQARQLIVHGHIEVNGQIIRSPSYLVLKEEEDTITYARTSPFANPQHPERMMIEKAKQGGEA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S4e
分子量 formula_weight	28246.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARKGPKRHLKRLAAPTSWYIERKAYKWAVRPRPGPHNMRTSIPLLYIVRDYLGYAKTAREARKILNEGKFLVDGRVRKDYKFPVGIMDVVSIPETGEHYRVLPNRIGKLILHPISEEEANIKPLRIRNKRMVKGAKIQLNFHDGTNHLIPLSEKDNYFTSYTVLMKVPEREILEVLPFEKGAYVFVTQGKNVARKGRIVEIKKFPMGWPDVVTIEDEEGELFDTLKEYAFVVGRDKPRISLP

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S5
分子量 formula_weight	26523.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSQEWKEYAKRVLDEWQPKTKLGMLVKEGQITDIHEIFRKGYQIKEPEIIDVLLPEVNARENQEILDIALTVRMTDSGRRVRFRVLAAVGNRDGYVGLGIGHGREVGIAIRKAINYAKLNIIEIKRGCGSWECRCRRPHSVPFTVEGKEGSVRVKLIPGPRGLGLVIGDVGKKILRLAGIQDVWSQTLGETRTTVNFAKAVFNALYNTNKVVVTPEMIERYGIVVGRAMPASFTLE

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S6e
分子量 formula_weight	14029.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MATFKLVISDPKTGIAKQIEITGPEAEKLIGKRIGDQIPVKELGINLNELFGKEFPEDVKMEIRGGTDKDGFPMRPDIHGPRRVRILLSKGPGFRPKEKGERRKKTVRGNTISPEIVQVNVKLVY

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S8
分子量 formula_weight	14772.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTLLDPLANALSHITNSERVGKREVYIKPASKLIGEVLRVMQKYGYIGEFEFIDDGRAGVYRVQLLGKINKAGAIKPRFPVKARDYERWEKRFLPAFEFGILIVSTSQGVMSHKEAREKGIGGRLIAYVY

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S8e
分子量 formula_weight	14293.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MAIWQGRSLRKPSGGRIVLARKKRKRELGREPSNTRVAEQDKRKIIRTYGGNKKVRLTAAAYANVFDKSGKGRKVRIIRVIENPANRQFARRNIITKGAIIETEIGKAKVTSRPGQDGVVNAILLEE

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S11
分子量 formula_weight	14773.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSEEQVNIKKKEKWGIAHIYSSYNNTIIHITDITGAETISRWSGGMVVKADRDEPSPYAAMLAARRAAEEALEKGIVGVHIRVRAPGGSKSKTPGPGAQAAIRALARAGLKIGRVEDVTPIPHDGTRPKGGRRGRRV

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	16477.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MPGKKAPNGEFAGRKLKLKRKKFRWSDIRYKRRVLRLKEKSDPLEGAPQARGIVLEKIAVEAKQPNSGMRKAVRVQLIKNGKVVTAFCPGDGAIKFIDEHDEVIIEGIGGPKGGSMGDIPGIRYKVVKVNRVSLKELVKGRKEKPRR

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	18697.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MARMHARKRGKSGSKRPPRTAPPIWLEYTVEDIENLVVKLRKEGYSTAMIGTILRDQYGIPTVKLFRDPDNPNRKLTITRILEKHGLAPEIPEDLMFLIKRAVNLRKHLEQHPKDLHSMRGLQLIESKIRRLVKYYKRKGKLPKDWRYDPEQAKLLVR

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S17
分子量 formula_weight	13364.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MVRDIGLRIQPPAEKCDDPKCPWHGHLKIHGRVFEGIVVSDKPRKTVTVERQYYHYLKKYERYELRRSRIHAHNPPCINAKVGDRVLIAETRPLSKTKHFVVVAVLERAEERR

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S24e
分子量 formula_weight	11798.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MEIKITEVKENKLIGRKEIYFEIYHPGEPTPSRKDVKGKLVAMLDLNPETTVIQYIRSYFGSYKSKGYAKYYYDKDRMLYIEPEYILIRDGIIEKKEGE

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S27e
分子量 formula_weight	7186.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MALPRNVIPMPRSRFLRVKCIDCGNEQIVFSHPATRVRCNVCGATLVEPTGGKGIIRAKILEVLE

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	30S ribosomal protein aL41
分子量 formula_weight	4910.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0

MKRRPRKWKKKGRMRWKWIKKRIRRLKRQRKKERGL

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	mRNA
分子量 formula_weight	6448.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	5

UGGAGGUGAUUUAAAUGCCA

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	Translation initiation factor 1A
分子量 formula_weight	13078.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MPKKERKVEGDEVIRVPLPEGNQLFGVVEQALGAGWMDVRCEDGKIRRCRIPGKLRRRVWIRVGDLVIVQPWPVQSDKRGDIVYRYTQTQVDWLLRKGKITQEFLTGGSLLVE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 22 Entity 22 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	6swd600
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6swdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1

结构域编号 domain_id	6swdF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6swdI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6swdI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6swdM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ribosomal protein S11/S14

结构域编号 domain_id	6swdQ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — S15/NS1, RNA-binding

结构域编号 domain_id	6swdV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	6swdW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Ribosomal protein S27

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142000

IC2 body model of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S3Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S4e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S6e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S8e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体