SAXSdb — 6t6r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 D-MALATE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 18 ;(4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{S},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-8-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–916； UniProt 1–941

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6t6r
沉积日期 deposition_date	2019-10-18
结构标题 title	Human endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) in complex with (4aR,5S,6R,8S,8aR)-5-(2-(Furan-3-yl)ethyl)-8-hydroxy-5,6,8a-trimethyl-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydronaphthalene-1-carboxylic acid
关键词 keywords	ERAP1, Aminopeptidase, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6t6r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6t6r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6t6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.95 Å
Rg（电子密度）	28.13 Å
总 Rg	28.92 Å
原子数	7028
残基数	856
排除体积	126170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6t6r__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
分子量 formula_weight	105343.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
突变 mutation	N70Q N154Q N414Q N760Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7988

MVFLPLKWSLATMSFLLSSLLALLTVSTPSWCQSTEASPKRSDGTPFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHAQLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRATLRKGAGERLSEEPLQVLEHPRQEQIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGQLSETFHGFYKSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRREPRHLAISNMPLVKSVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYALDAAVTLLEFYEDYFSIPYPLPKQDLAAIPDFQSGAMENWGLTTYRESALLFDAEKSSASSKLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWWNDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGKCFDAMEVDALQSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLREYLSADAFKSGIVQYLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIGSGGVDVKTMMNTWTLQKGFPLITITVRGRNVHMKQEHYMKGSDGAPDTGYLWHVPLTFITSKSDMVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSNDRASLINNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEVETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDEGSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWKESNGQLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKSQIEFALCRTQNKEKLQWLLDESFKGDKIKTQEFPQILTLIGRNPVGYPLAWQFLRKNWNKLVQKFELGSSSIAHMVMGTTNQFSTRTRLEEVKGFFSSLKENGSQLRCVQQTIETIEENIGWMDKNFDKIRVWLQSEKLERMENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{S},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-8-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	332.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	945

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6t6ra1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.98 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.98.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
家族 Family family	b.98.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6t6ra2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6t6ra3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.30 — Zn aminopeptidase insert domain
家族 Family family	b.1.30.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6t6ra4
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6t6rA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	6t6rA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	6t6rA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	6t6rA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	113.220 Å
晶胞边长 b length_b	140.260 Å
晶胞边长 c length_c	57.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.670 Å
最低分辨率 resolution_low	24.450 Å
R 因子 r_factor	0.1700
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.1940

Human endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) in complex with (4aR,5S,6R,8S,8aR)-5-(2-(Furan-3-yl)ethyl)-8-hydroxy-5,6,8a-trimethyl-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydronaphthalene-1-carboxylic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6t6r__assembly_1__model_1

6t6r__assembly_1__model_1 | I(q)

6t6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Human endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) in complex with (4aR,5S,6R,8S,8aR)-5-(2-(Furan-3-yl)ethyl)-8-hydroxy-5,6,8a-trimethyl-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydronaphthalene-1-carboxylic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6t6r__assembly_1__model_1

6t6r__assembly_1__model_1 | I(q)

6t6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)