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6t9j

SAGA Tra1 module

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 205.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SPT20

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P50875

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–604 未记录 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6T9J Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6T9I cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA 提交 2019-10-28 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–604（604 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 1–604（604 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.30 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPT20_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–604； UniProt 1–604

Transcription initiation factor TFIID subunit 12

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q03761

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 1–539 未记录 Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6T9J Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6T9I cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA 提交 2019-10-28 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 I 1–539（539 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–539（539 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.30 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAF12_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–539； UniProt 1–539

Transcription-associated protein 1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P38811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 1–3744 未记录 Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6T9J Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5OJS Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 提交 2017-07-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 T 1–3744（3744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting after first application and 5 sec blotting after the second.
分辨率 3.70 Å
5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–2627（2627 aa） 片段：UNP residues 1-2627
链 B 2630–3744（1115 aa） 片段：UNP residues 2630-3744
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
6IG9 Tra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex 提交 2018-09-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 T 1–3744（3744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；20mM HEPES pH 8.5 150mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds and wait for 30 seconds before plunging
分辨率 4.60 Å
6T9I cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA 提交 2019-10-28 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 T 1–3744（3744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–3744（3744 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 L 1–3744（3744 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7YFN Core module of the NuA4 complex in S. cerevisiae 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 T 1–3744（3744 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7YFP The NuA4 histone acetyltransferase complex from S. cerevisiae 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 T 1–3744（3744 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Z 1–3744（3744 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRA1_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–3744； UniProt 1–3744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6t9j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6t9j
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6t9j
沉积日期 deposition_date2019-10-28
结构标题 titleSAGA Tra1 module
关键词 keywordsCoactivator, Transcription, Histone acetyltransferase, Histone deubiquitinase, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.78 Å
零角强度 I(0) i02230060000.00
分子量 molecular_weight418980.0 kDa
排除体积 excluded_volume533060 ų
包络体积 envelope_volume793770 ų
水化壳体积 shell_volume110280 ų
包络直径 envelope_diameter197.5 Å
壳层 Rg shell_rg63.80 Å
包络 Rg envelope_rg57.31 Å
形状 Rg shape_rg58.78 Å
总 Rg total_rg58.89 Å
总原子数 total_atoms29550
残基数 n_residues3617
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax205.5 Å
Rg (实空间) rg_real58.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.17 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2229000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8695
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary60.9 Å
偏度 Skewness skewness0.339
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha193900000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.809
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)